จักรพรรดิซ่งเกาจงเป็นพระราชโอรสองค์ที่ 5 ของจักรพรรดิซ่งฮุ่ยจง และเป็นพระราชอนุชาต่างพระราชมารดาของจักรพรรดิซ่งชินจง พระราชมารดาของพระองค์เป็นพระสนมจากสกุลเว่ย (韋) ซึ่งได้รับการสถาปนาหลังการสิ้นพระชนม์จากจักรพรรดิซ่งเกาจงเป็นพระพันปีหลวงเสียงหยิน (顯仁皇后, ค.ศ. 1080 - 1159)

จักรพรรดิซ่งเกาจงทรงเคยปกครองพื้นที่แห่งหนึ่งราชวงศ์ซ่งเหนือมาก่อน ต่อมาหลังจักรพรรดิซ่งชินจงและจักรพรรดิซ่งฮุ่ยจงทรงถูกพวกจินจับกุมเป็นเชลยแล้ว พระองค์จึงขึ้นครองราชสมบัติเป็นจักรพรรดิลำดับถัดมาและสถาปนาราชวงศ์ซ่งใต้ขึ้น ในรัชกาลของพระองค์นั้นจักรวรรดิซ่งใต้ต้องทำสงครามกับชาวจินอยู่เสมอ ในชั้นต้นพระองค์ได้ให้แม่ทัพคนสำคัญ เช่น หลี่กัง งักฮุย หานซื่อจง และอวี่หยุนเหวิน ตรึงกำลังชาวจินไว้ อย่างไรก็ตาม หลังจากการต่อสู้ยาวนาหลายปีและประสบชัยชนะด้านการทหาร จักรพรรดิซ่งเกาจงก็ได้ทรงเปลี่ยนมาดำเนินนโยบายสันติและปกป้องดินแดนเป็นหลัก หนึ่งในเหตุผลสำคัญในการดำเนินนโยบายดังกล่าวก็คือ พระองค์และอัครมหาเสนาบดีฉินฮุ่ยไม่ต้องการให้กองทัพซ่งใต้เอาชัยจากชาวจินอย่างเบ็ดเสร็จและช่วยเหลือจักรพรรดิซ่งชินจงและจักรพรรดิซ่งฮุ่ยจงได้ เพื่อว่าจักรพรรดิซ่งเกาจงจะได้อยู่ในราชสมบัติต่อไป ผลที่ปรากฏคือพระองค์และฉินฮุ่ยได้วางแผนบังคับให้แม่ทัพงักฮุยต้องถอนทัพกลับมาด้วยคำสั่งที่กำกวม แล้วหาทางจับงักฮุยประหารชีวิตเสียโดยปราศจากความผิด และถอดถอนแม่ทัพหานซื่อจงออกจากตำแหน่งทางการทหารทั้งหมด จากนั้นพระองค์ได้ลงพระนามใน “สัญญาสงบศึกเส้าซิง” กับชาวจิน ซึ่งสัญญาที่ซ่งใต้เสียเปรียบจินเป็นอย่างมาก กล่าวคือ ซ่งใต้ต้องยอมยกดินแดนจำนวนมากให้แก่ราชวงศ์จินเพื่อแลกกับการสงบศึก และต้องส่งบรรณาการให้กับชาวจินด้วย

จักรพรรดิซ่งเกาจงยังทรงเป็นกวีที่สำคัญพระองค์หนึ่งของจีน และทรงมีอิทธิพลอย่างสำคัญต่อกวีชาวจีนในรุ่นต่อมาด้วย ผลงานชิ้นหนึ่งของพระองค์ที่ยังหลงเหลือมาถึงปัจจุบันคือ "บทกวีสี่วรรคว่าด้วยภูเขาสวรรค์" (Quatrain on the Heavenly Mountain)

วันที่ 24 กรกฎาคม ค.ศ. 1162 จักรพรรดิซ่งเกาจงสละราชย์ให้จ้าวเชิ่นพระโอรสบุญธรรม ขึ้นเป็นจักรพรรดิซ่งเซี่ยวจง ส่วนจักรพรรดิซ่งเกาจงได้รับยศพระเจ้าหลวง (太上皇) และยังมีอำนาจทางการเมืองอยู่ต่อไป หลังครองราชย์นานกว่า 35 ปี แต่ยังทรงดำรงพระชนม์จนถึง ค.ศ. 1187 จึงเสด็จสวรรคต พระชนมายุได้ 80 พรรษา