เจ้าหญิงนางาโกะ ประสูติ ณ กรุงโตเกียวเมื่อวันที่ 6 มีนาคม ปีเมจิที่ 36 (ค.ศ.1903,พ.ศ. 2446) เป็นพระธิดาคนที่ 3 จาก 6 พระองค์ ในเจ้าชายคุนิโยชิ เจ้าคุนิ กับ ท่านหญิงชิกาโกะ ชิมะสึ พระองค์มีพระเชษฐา 2 พระองค์ พระขนิษฐา 2 พระองค์ และพระอนุชา 1 พระองค์ โดยในช่วงที่พระนางประสูติ เป็นช่วงที่วัฒนธรรมจากตะวันตกไหลบ่าเข้ามาในญี่ปุ่น เจ้าคุนิ พระบิดา ยังทรงเลี้ยงดูเจ้าหญิงนางาโกะตามจารีตดั้งเดิมมาโดยตลอด โดยพระบิดาของเจ้าหญิงนางาโกะ สืบเชื้อสายมาจากราชสกุลฟุชิมิ ซึ่งไม่ได้มาจากตระกูลฟูจิวาระ (มีตระกูลย่อย ได้แก่ ตระกูลโคโนะเอะ, อิชิโจ, นิโจ, คะซะสึคะซะ และคุโจ) ส่วนพระมารดาสืบเชื้อสายมาจากไดเมียว ทำให้เจ้าหญิงนางาโกะ เป็นพระจักรพรรดินีพระองค์แรก ที่ไม่ได้มาจากตระกูลฟูจิวาระ[3]

หลังจากที่เจ้าหญิงนางาโกะสำเร็จในระดับประถมศึกษา เจ้าหญิงทรงเข้าศึกษาต่อในโรงเรียนกะคุชูอิน (学習院) ซึ่งเป็นโรงเรียนของสตรีชั้นสูงของญี่ปุ่นในระดับนั้น มีสูงสุดถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 5 โดยเจ้าหญิงนางาโกะได้เข้ารับการศึกษาร่วมกับเจ้าหญิงมะซะโกะ นะชิโมะโตะ ซึ่งเป็นพระญาติ (ต่อมาเจ้าหญิงมะซะโกะ นะชิโมะโตะ ได้รับการสถาปนาเป็น เจ้าหญิงบังจา มกุฎราชกุมารีแห่งเกาหลี)

ระหว่างที่เจ้าหญิงนางาโกะทรงศึกษาในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 2 มกุฎราชมารฮิโระฮิโตะ ได้เสด็จประทับรถม้ามายังโรงเรียนกะคุชูอิน เพื่อหาสตรีชั้นสูงที่มาจากราชสกุลเป็นพระคู่หมั้น ซึ่งในเวลานั้นเจ้าหญิงนางาโกะ ถือเป็นสตรีที่ถือว่ามีพระสิริโฉมพระองค์หนึ่ง แม้พระองค์จะสวมฉลองพระองค์เป็นกิโมโน และกระโปรงฮากามะ ซึ่งเป็นกระโปรงจับจีบแบบญี่ปุ่น รวบพระเกศาด้วยริบบิ้นสีขาว และถุงพระบาทสีดำ เมื่อมกุฎราชกุมารฮิโระฮิโตะทอดพระเนตรเห็น และให้ความสนพระทัยเจ้าหญิงนางาโกะ[1] พระองค์ก็ตัดสินพระทัยที่จะเลือกมาเป็นพระคู่หมั้น[4] ซึ่งก่อนหน้านี้มกุฎราชกุมารฮิโระฮิโตะเคยรู้จักคุ้นเคยกับเจ้าหญิงนางาโกะมาก่อนในสมัยอนุบาล ในสมัยประถมทั้งสองพระองค์ก็เคยเสวยพระกระยาหารกลางวันด้วยกัน แม้ในสมัยมัธยมโรงเรียนกะคุชูอินจะแยกเป็นฝ่ายชาย และฝ่ายหญิงก็ตาม