โดยช่วงเวลาที่พระองค์ทรงครองราชสมบัติเป็นจักรพรรดิแห่งออสเตรีย และกษัตริย์แห่งฮังการีนั้น ได้เกิดเหตุร้ายต่าๆนาๆ โดยเมื่อปีพ.ศ. 2432 อาร์ชดยุกรูดอล์ฟ มกุฎราชกุมารและพระราชโอรสเพียงพระองค์เดียว ทรงตัดสินใจปิดพระชนม์ชีพพระองค์เองด้วยพระแสงปืนที่ คฤหาสน์ล่าสัตว์มาเยอร์ลิ่ง รัฐโลเวอร์ ออสเตรียพร้อมด้วยนางสนมของพระองค์ บารอนเนสแมรี่ เว็ทเซร่า ต่อมาเมื่อปีพ.ศ. 2441 จักรพรรดินีเอลีซาเบ็ท ผู้เป็นพระมเหสีอันเป็นที่รักยิ่งของพระองค์ ทรงถูกลอบปลงพระชนม์ที่ประเทศสวิตเซอร์แลนด์ ขณะทรงแปรพระราชฐานพักร้อน พระองค์ถูกมีดแทงจนสิ้นพระชนม์โดยนักอธิปไตยนิยมชาวอิตาลี การสูญเสียครั้งนี้สร้างความเสียพระทัยของประชาชนเป็นอย่างยิ่ง โดยเฉพาะจักรพรรดิผู้เป็นพระสวามี พระองค์ทรงอยู่ในห้วงระทมทุกข์ตลอดพระชนม์ชีพ โดยเมื่อระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 1นั้น พระองค์ได้ทรงพาอาร์ชดัชเชสซีต้า พระชายาในอาร์ชดยุกคาร์ล พระนัดดา (ภายหลังทรงเป็นจักรพรรดิและจักรพรรดินีแห่งออสเตรีย) และพระราชบุตรไปหลบภัย ณ พระราชวังเชินบรุนน์ พระองค์มีพระปฏิสันถารกับจักรพรรดินีซีต้าเกี่ยวกับพระมเหสีของพระองค์ว่า You'll never know how important she was for me (เจ้าไม่ทางรู้หรอกว่าพระนางมีความสำคัญกับข้าพเจ้ามากแค่ไหน)

ในช่วงปีค.ศ. 1850 มีความขัดแย้งทางการเมือง และปัญหาทางการเมืองการปกครอง ซึ่งผลกระทบมาจากสงครามไครเมีย การมีปัญหาเกี่ยวกับความสัมพันธไมตรีกับรัสเซีย สงครามออสเตรีย-ซาร์ดิเนีย และอุปสรรคของการเป็นสมาชิกสหพันธรัฐเยอรมัน จนนำไปสู่สงครามออสเตรีย-ปรัสเซียเมื่อปีพ.ศ. 2409 ซึ่งเป็นเหตุให้มีการเปลี่ยนแปลงระบอบการเมืองการปกครองครั้งใหญ่ โดยยุบจักรวรรดิออสเตรียลง เปลี่ยนมาใช้ระบอบการปกครองแบบองค์พระประมุขควบคู่ (Dual Monarchy) เพื่อรักษาเสถียรภาพและความสมดุลทางการเมือง คือจักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการีเมื่อปีพ.ศ. 2410

ต่อมาปีพ.ศ. 2457 อาร์ชดยุกฟรันทซ์ แฟร์ดีนันด์ พระนัดดาของพระองค์ ซึ่งทรงดำลงตำแหน่งเป็นองค์รัชทายาทต่อจากอาร์ชดยุกรูดอล์ฟซึ่งสิ้นพระชนม์ไป ถูกลอบปลงพระชนม์ด้วยพระแสงปืนพร้อมด้วยพระชายา ณ เมืองซาราเยโว บอสเนียและเฮอร์เซโกวีนา ซึ่งการลอบปลงพระชนม์ครั้งนี้นำไปสู่สงครามโลกครั้งที่ 1 ทันที

จักรพรรดิฟรันทซ์ โยเซ็ฟเสด็จสวรรคตอย่างสงบเมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2459 ณ พระราชวังเชินบรุนน์ ท่ามกลางอาร์ชดยุกและอาร์ชดัชเชส พระราชนัดดาหลายพระองค์ รวมทั้งอาร์ชดัชเชสซีต้าด้วย พระองค์สวรรคตในระหว่างสงคราม สิริพระชนมพรรษาได้ 86 พรรษา รวมระยะเวลาการครองราชย์ได้ 68 ปี พระศพของพระองค์ถูกฝังไว้ที่วิหารฮาพส์บวร์ค กรุงเวียนนา โดยมีพระศพของจักรพรรดินีเอลีซาเบ็ทและอาร์ชดยุกรูดอล์ฟ มกุฎราชกุมารตั้งอยู่เคียงข้าง