อดีตจักรพรรดิซุโตะกุพิโรธมากที่พระองค์และพระโอรสถูกกีดกันจากราชสมบัติ จึงวางแผนก่อสงครามเพื่อยึดอำนาจคืนเมื่ออดีตจักรพรรดิโทะบะสวรรคตเมื่อ ค.ศ. 1156 โดยขอกำลังพลจากซะมุไรตระกูลมินะโมะโตะและตระกูลไทระ เกิดเป็นสงครามโฮเง็ง (保元の乱) โดยที่ฝ่ายของจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ ได้รับการสนับสนุนจากคัมปะกุฟุจิวะระ โนะ ทะดะมิชิ และพระภิกษุชินเซ หรือฟุจิวะระ โนะ มิชิโนะริ ผู้ซึ่งได้ทำการติดต่อให้มินะโมะโตะ โนะ โยะชิโตะโมะ และ ไทระ โนะ คิโยะโมะริ มาเป็นผู้นำทัพฝ่ายของพระองค์ ผลคือฝ่ายของพระองค์เป็นฝ่ายชนะ อดีตจักรพรรดิซุโตะกุและพระโอรสทรงถูกเนรเทศ

หลังจากสงครามโฮเง็ง การปกครองของราชสำนักเฮอังก็ตกอยู่ภายใต้อำนาจของพระภิกษุชินเซ จักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะทรงสละราชบัลลังก์ให้พระโอรสเจ้าชายโมะริฮิโตะ ขึ้นครองราชย์เป็นจักรพรรดินิโจใน ค.ศ. 1158 และกุมอำนาจอยู่เบื้องหลังในฐานะอดีตพระจักรพรรดิตามระบบอินเซ แต่ทว่าจักรพรรดินิโจทรงไม่เต็มพระทัยที่จะให้บิดาของพระองค์ขึ้นมามีอำนาจเหนือพระองค์ จึงเกิดการแก่งแย่งอำนาจระหว่างอดีตจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะกับพระโอรส

จนกระทั่ง ค.ศ. 1160 ชูนะงงฟุจิวะระ โนะ โนะบุโยะริ ร่วมมือกับมินะโมะโตะ โนะ โยะชิโตะโมะ ก่อการกบฏเพื่อล้มอำนาจพระภิกษุชินเซ ในเหตุการณ์ที่เรียกว่า สงครามเฮจิ (平治の乱) โยะชิโตะโมะยกทัพเข้ายึดพระราชวังกุมองค์จักรพรรดินิโจไว้ และยกทัพเข้าโจมตีตำหนักซันโจ (三条殿) อันเป็นที่ประทับของอดีตจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ เข้าสังหารข้าราชบริพารของอดีตจักรพรรดิไปมากรวมถึงพระภิกษุชินเซด้วย แล้วจึงกุมองค์อดีตจักรพรรดิไว้ แต่ไทระ โนะ คิโยะโมะริ ได้ช่วยเหลือจักรพรรดิทั้งสองพระองค์ให้ทรงหลบหนีออกมาได้ และยกทัพเข้าต่อสู้กับฝ่ายตระกูลมินะโมะโตะจนได้รับชัยชนะ