จักรพรรดิโกะ-โทะบะ ทรงประสูติเมื่อวันที่ 6 สิงหาคม ค.ศ. 1180 ณ พระราชวังหลวงเฮอัง มีพระนามเดิมว่า เจ้าชายทะกะฮิระ (尊成親王) เป็นพระราชโอรสของ จักรพรรดิทะกะกุระ และเป็นพระราชปนัดดาของอดีต จักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ

ครองราชย์

เสด็จขึ้นครองราชย์เมื่อวันที่ 8 กันยายน ค.ศ. 1183 ขณะพระชนมายุเพียง 3 พรรษาหลังการสวรรคตของ จักรพรรดิอันโตะกุ ผู้เป็นพระเชษฐาต่างพระราชมารดาโดยมี ไดโจโฮโอ โกะ-ชิระกะวะ พระปัยกาเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์

จักรพรรดิโกะ-โทะบะประกาศสละราชบัลลังก์ให้แก่ เจ้าชายโทะเมะฮิโตะ (為仁) พระราชโอรสของพระองค์ขึ้นเป็น จักรพรรดิสึชิมิกะโดะ ขณะที่อดีตจักรพรรดิโกะ-โทะบะเป็น ไดโจเท็นโน (มหาจักรพรรดิ) และได้ทรงพระผนวชทำให้พระองค์เป็น ไดโจโฮโอ (มหาธรรมราชา) ที่ยังคงมีพระราชอำนาจในการปกครองเหนือจักรพรรดิสึชิมิกะโดะและจักรพรรดิอีก 2 พระองค์