ก่อนที่จักรพรรดิโกะ-โมโมโซโนะจะขึ้นสืบ ราชบัลลังก์ดอกเบญจมาศ มีพระนามส่วนพระองค์ว่า เจ้าชายฮิเดฮิโตะ (ญี่ปุ่น: 英仁 โรมาจิ: Hidehito-shinno)

เป็นพระราชโอรสองค์ใหญ่ใน จักรพรรดิโมโมโซโนะ จักรพรรดิองค์ที่ 116

จักรพรรดิโกะ-โมโมโซโนะพร้อมพระราชวงศ์ประทับอยู่ใน ไดริ หรือ เขตพระราชฐานชั้นใน ใน พระราชวังหลวงเฮอัง มีพระราชโอรส 2 พระองค์แต่สิ้นพระชนม์ตั้งแต่ทรงพระเยาว์และพระราชธิดาพระชนมายุ 10 เดือนคือ เจ้าหญิงโยชิโกะ ซึ่งประสูติในช่วงเวลาก่อนที่องค์จักรพรรดิจะสวรรคตต่อมาเจ้าหญิงโยชิโกะคือจักรพรรดินีหรือ ชูงู ใน จักรพรรดิโคกะกุ

• นางใน : โคโนเอะ โคเรโกะ (近衛維子)
  • พระราชธิดา : เจ้าหญิงโยชิโกะ (Princess Yoshiko) ต่อมาคือจักรพรรดินีในจักรพรรดิโคกะกุหรือต่อมาคือท่าน ชิน-เซวะ-อิน (Shin-Seiwa-in)

• พระราชโอรสบุญธรรม
  • เจ้าชายโทโมฮิโตะ (Prince Tomohito) (ต่อมาคือจักรพรรดิโคกากุโอรสองค์ที่ 6 ของ เจ้าชายซุเกะฮิโตะ เจ้าคันอิน)