ก่อนขึ้นครองบัลลังก์ดอกเบญจมาศ ทรงพระนามว่า เจ้าชายโอะซะฮิโตะ (統仁) และมีราชทินนามว่า เจ้าชายฮิโระ (煕宮) เป็นพระราชโอรสลำดับที่ 4 ในจักรพรรดินินโกที่ประสูติกับพระสนมฟุจิวะระ โนะ สึเนะโกะ หลังจากขึ้นครองราชสมบัติแล้ว พระองค์และพระบรมวงศ์ก็พำนักอยู่ที่พระราชวังหลวงเฮอัง จักรพรรดิโคเมมีพระราชโอรส 2 พระองค์ และพระราชธิดา 4 พระองค์ อย่างไรก็ตาม พระราชโอรสธิดาทั้งหมดยกเว้นเจ้าชายมุสึฮิโตะ ล้วนสิ้นพระชนม์ขณะทรงพระเยาว์

จักรพรรดิโคเมมีพระอัครมเหสีนามว่า อะสึโกะ คุโจ (九条夙子) ซึ่งหลังจักรพรรดิโคเมสวรรคตในปี 1867 พระนางได้รับโปรดเกล้าฯจากจักรพรรดิเมจิให้เป็นพระพันปีหลวง