จักรพรรดิโทบะ เป็นพระราชโอรสในจักรพรรดิโฮะริกะวะ และพระนางฟุริวะระ โนะ อิชิ โดยจักรพรรดิโทะบะ มีพระอัครมเหสี 1 พระองค์(ระหว่างทรงราชย์) และพระอัครชายา 2 พระองค์(ภายหลังสละราชย์)

• อัครมเหสี (ชูงุ): จักรพรรดินีทะมะโกะ (ฟุจิวะระ โนะ โชชิ; 藤原璋子)
  • เจ้าชายอะกิฮิโตะ (顕仁親王) - ภายหลังคือจักรพรรดิซุโตะกุ
  • เจ้าหญิงโยะชิโกะ (禧子内親王)
  • เจ้าชายมิชิฮิโตะ (通仁親王)
  • เจ้าชายคิมิฮิโตะ (君仁親王)
  • เจ้าหญิงมุเนะโกะ (統子内親王)
  • เจ้าชายมะซะฮิโตะ (雅仁親王) - ภายหลังคือจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ
  • เจ้าชายโมะโตะฮิโตะ (本仁親王) - ภายหลังออกบวชในนาม "คะกุโช" (覚性法親王)
• อัครชายา (โคโง): จักรพรรดินี ฟุจิวะระ โนะ ยะซุโกะ (藤原泰子)
• อัครชายา (โคโง): จักรพรรดินี ฟุจิวะระ โนะ นะริโกะ (藤原得子)
  • เจ้าหญิงโทะชิโกะ (叡子内親王)
  • เจ้าหญิงอะกิโกะ (暲子内親王)
  • เจ้าชายนะริฮิโตะ (体仁親王) - ภายหลังคือจักรพรรดิโคะโนะเอะ
  • เจ้าหญิงโยะชิโกะ (姝子内親王) - ภายหลังคือพระอัครมเหสีในจักรพรรดินิโจ
• พระสนม: ท่านหญิงคิ โนะ อิเอะโกะ(紀家子) ท่านหญิงแห่งมิโนะ (美濃局)
  • เจ้าชายโดเค (道恵法親王)
  • เจ้าชายคะกุไก (覚快法親王)
  • อะยะ โกะเซ็ง (阿夜御前)
• พระสนม: ท่านหญิงแห่งซันโจ (三条局)
  • เจ้าชายเค็นชิ (妍子内親王)
• พระสนม: ท่านหญิงแห่งคะซุงะ (春日局)
  • เจ้าหญิงโชชิ (頌子内親王)
• พระสนม: ท่านหญิงแห่งฟุจิสึโบะ (藤壺女御)
  • ชิน-โยะ (真誉)
• พระสนม: ท่านหญิงแห่งโทะซะ (土佐局)