จักรพรรดิโยเมเป็นพระราชโอรสองค์ที่ 4 ของจักรพรรดิคิมเม และพระราชชนนีคือโสะกะ โนะ คิตะชิฮิเมะ ธิดาของโสะกะ โนะ อินะเมะ[4]

• ในปีพ.ศ. 1129 จักรพรรดิโยเมอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงอะนะโนะเบะ โนะ ฮะชิฮิโตะ ผู้เป็นพระกนิษฐภคินี (ญี่ปุ่น: 穴穂部間人皇女 โรมาจิ: อะนะโนะเบะ โนะ ฮะชิฮิโตะ โนะ ฮิเมะมิโกะ) ซึ่งพระชนนีคือธิดาอีกคนของอินะเมะ ซึ่งมีพระนามว่าโซะกะ โนะ โอะอะเนะ ฮิเมะ เจ้าหญิงอะนะโนะเบะ โนะ ฮะชิฮิโตะให้กำเนิดพระราชบุตร 4 พระองค์ รวมถึงเจ้าชายโชโตะกุซึ่งภายหลังพระองค์เป็นมกุฎราชกุมารและผู้สำเร็จราชการแทนจักรพรรดินีซุอิโกะ พระราชบุตรองค์ที่สองคือเจ้าชายคุเมะ องค์ที่สามคือเจ้าชายเยะกุริ และองค์ที่สี่คือเจ้าชายมะมุตะ

• อิชิคินะ (ธิดาของโสะกะ โนะ อินะเมะ) อภิเษกสมรสกับจักรพรรดิโยเม ให้กำเนิดเจ้าชายทะเมะ (หรืออีกพระนามคือโทะโยะระ)

• ฮิโระโกะ (ธิดาของอิฮะมุระ หรือคะสึระกิ โนะ อะทะเฮะ) ให้กำเนิดเจ้าชายมะโระโกะ และเจ้าชายนุกะเดะ ฮิเมะ

จักรพรรดิโยเมมีพระมเหสี 3 พระองค์ พระราชบุตรและพระราชธิดาอีก 7 พระองค์[5]

พระราชบุตรของจักรพรรดิโยะเม ซึ่งมีพระนามว่าเจ้าชายอุมะยะโดะ เป็นที่รู้จักกันในนามเจ้าชายโชโตะกุ.[6]