ในทวีปยุโรปสมัยโบราณถือว่า "จักรพรรดิ" เป็นพระอิสริยยศมีบทบาทสำคัญในการปกป้องคริสตจักรโรมันคาทอลิก ในสมัยกลางพระสันตะปาปามีอำนาจมากขึ้นจนเกิดขัดแย้งกับจักรพรรดิในเรื่องการบริหารคริสตจักร ปัญหาที่เป็นที่รู้จักมากที่สุดคือข้อขัดแย้งเรื่องการสถาปนาสมณศักดิ์ในคริสต์ศตวรรษที่ 11 ระหว่างจักรพรรดิไฮน์ริชที่ 4 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์กับสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 7

หลังจากที่พระสันตะปาปาราชาภิเษกพระเจ้าชาร์เลอมาญเป็นจักรพรรดิโรมัน ผู้ที่สืบราชบัลลังก์ต่อมาก็สืบทอดพระอิสริยยศนี้ต่อมาด้วย จนกระทั่งเมื่อพระเจ้าเบเรนการีโอที่ 1 แห่งอิตาลีสวรรคตในปี ค.ศ. 924 พระสันตะปาปาก็ไม่ได้ราชาภิเษกใครขึ้นเป็นจักรพรรดิโรมันอีก จนเมื่อจักรพรรดิออทโทที่ 1 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ได้รับราชาภิเษกจึงถือว่าเป็นปฐมจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ แต่บางตำราก็ถือว่าจักรพรรดิชาร์เลอมาญเป็นปฐมจักรพรรดิที่แท้จริง จักรพรรดิออทโทและผู้สืบราชบัลลังก์ของพระองค์ได้ถือว่าราชอาณาจักรแห่งชาวแฟรงก์ตะวันออกในสมัยราชวงศ์การอแล็งเฌียงเป็นจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ด้วย เจ้าชายเยอรมันจะทำการคัดเลือกเจ้าชายพระองค์หนึ่งในคณะขึ้นเป็นพระมหากษัตริย์แห่งชาวเยอรมัน จากนั้นจึงจะได้รับราชาภิเษกจากพระสันตะปาปาต่อไป หลังจากการราชาภิเษกจักรพรรดิคาร์ลที่ 5 จักรพรรดิพระองค์ต่อ ๆ มาก็มิได้รับการราชาภิเกจากพระสันตะปาปาอีก ถือเป็นจักรพรรดิจากการเลือกตั้งตามกฎหมายโดยสมบูรณ์

แต่คำว่า "ศักดิ์สิทธิ์" ที่ประกอบในพระอิสริยยศจักรพรรดินั้นถูกใช้ครั้งแรกกับจักรพรรดิฟรีดริชที่ 1 แต่ตามประวัติศาสตร์นิพนธ์ถือว่าจักรพรรดิออทโทที่ 1 เป็นจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์พระองค์แรก แม้ว่าที่จริงชาร์เลอมาญจะเป็นจักรพรรดิแห่งชาวโรมันพระองค์แรกที่ได้รับราชาภิเษกจากพระสันตะปาปาก็ตาม จักรพรรดิคาร์ลที่ 5 ถือเป็นจักรพรรดิพระองค์สุดท้ายที่ได้รับราชาภิเษกจากพระสันตะปาปา ส่วนจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์พระองค์สุดท้ายที่มาจากการคัดเลือกคือจักรพรรดิฟรันซ์ซึ่งได้สละราชสมบัติช่วงที่มีสงครามนโปเลียนในปี ค.ศ. 1806 และถือเป็นการล่มสลายของจักรวรรดิ