สมเด็จพระจักรพรรดิโยชิฮิโตะ มีพระนามจริงว่า เจ้าชายโยชิฮิโตะ เสด็จพระราชสมภพที่พระราชวังอโอยามะ กรุงโตเกียว เป็นพระราชโอรสในจักรพรรดิเมจิ ที่ประสูติแต่พระสนมนารูโกะ เนื่องจากเป็นพระราชโอรสพระองค์เดียว ทำให้พระองค์ได้รับการอภิบาลจากจักรพรรดินีโชเก็ง พระอัครมเหสี ภายหลังประสูติได้ 6 วัน ทรงได้รับราชทินนามเป็น เจ้าฮารุ (明宮 ฮารุ โนะ มิยะ) เมื่อวันที่ 6 กันยายน พ.ศ. 2422 เจ้าฮารุมีพระวรกายอ่อนแอมาตั้งแต่ประสูติ ด้วยสาเหตุทางพันธุกรรมจากพระราชบิดา ก่อนหน้าที่พระองค์จะประสูติ พระเชษฐาและพระเชษฐภคินีของพระองค์ได้สิ้นพระชนม์ไปก่อนถึง 4 พระองค์ โดย 2 พระองค์แท้งในครรภ์และ 2 พระองค์สิ้นพระชนม์ตั้งแต่ทารก

เมื่อพระองค์พระชนมายุได้ 5 พรรษา พระองค์ต้องประทับอยู่ที่พระราชวังอะโอะยะมะอย่างสันโดษกับเหล่าข้าราชบริพาร ในแต่ละวันพระองค์ทรงเรียนหนังสือในวิชา การอ่านเขียน, คณิตศาสตร์ และศีลธรรมในช่วงเช้า และกีฬาในช่วงบ่าย แต่พัฒนาการของพระองค์ดำเนินอย่างช้ามาก เนื่องจากพระพลานามัยที่ไม่แข็งแรงและประชวรบ่อย ในปี พ.ศ. 2429 พระองค์เข้ารับการเรียนการสอนร่วมกับเพื่อนร่วมห้องราว 15-20 คนที่ถูกคัดสรรมาจากบรรดาบุตรหลานของเจ้านายชั้นอนุวงศ์และขุนนาง

พระองค์ได้รับประกาศเป็นรัชทายาทเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2430 ในวันคล้ายวันพระประสูติครบ 8 ปีของพระองค์ โดยทรงรับการสถาปนาขึ้นเป็นมกุฎราชกุมารอย่างเป็นทางการในวันที่ 3 พฤศจิกายน พ.ศ. 2430