กาลีมันตันตะวันออกได้แบ่งเขตการปกครองเป็น 9 อำเภอ (regencies) กับ 4 เมือง (cities)เมืองต่าง ๆ ได้แก่

1. ปาซีร์ (Pasir)
2. เปอนาจัมปาเซร์เหนือ (Penajam Paser Utara)
3. กูไตการ์ตาเนอการา (Kutai Kartanegara)
4. กูไตตะวันตก (Kutai Barat)
5. กูไตตะวันออก (Kutai Timur)
6. บูลูงัน (Bulungan)
7. เบอเรา (Berau)
8. มาลีเนา (Malinau)
9. นูนูกัน (Nunukan)

ส่วนเมืองต่าง ๆ ได้แก่

1. บาลิกปาปัน (Balikpapan)
2. ซามารินดา (Samarinda)
3. บนตัง (Bontang)
4. ตารากัน (Tarakan)