เมื่อแรกตั้งจังหวัดนั้น ได้แบ่งการปกครองออกเป็น 6 อำเภอ ตามประกาศเรื่องตั้งอำเภอ ลงวันที่ 23 กรกฎาคม พุทธศักราช 2484 ดังนี้

1. อำเภอเมืองนครจัมปาศักดิ์ (ตามเขตอำเภอนครจัมปาศักดิ์เดิม)
2. อำเภอวรรณไวทยากร (ตามเขตอำเภอมูลปาโมกเดิม) ตั้งชื่อตามพระนาม พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าวรรณไวทยากร กรมหมื่นนราธิปพงศ์ประพันธ์
3. อำเภอธาราบริวัตร (ตามเขตอำเภอธาราบริวัตรเดิม)
4. อำเภอมะโนไพร (ตามเขตอำเภอมะโนไพรเดิม)
5. กิ่งอำเภอโพนทอง (ตามเขตกิ่งอำเภอโพนทองเดิม)

หลังจากนั้นวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2484 สภาผู้แทนราษฎรได้พิจารณาจัดตั้งศาลจังหวัด โดยคณะผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา วันที่ 12 สิงหาคม พ.ศ. 2484 [1] ต่อมาทางการได้ปรับปรุงเขตการปกครองจังหวัดนครจัมปาศักดิ์ใหม่ โดยโอนท้องที่อำเภอจอมกระสานต์ จังหวัดพิบูลสงคราม มาขึ้นจังหวัดนครจัมปาศักดิ์[2] ทำให้จังหวัดนครจัมปาศักดิ์มีเขตการปกครองจนถึง พ.ศ. 2489 รวมทั้งสิ้น 6 อำเภอ คือ อำเภอเมืองนครจัมปาศักดิ์ อำเภอวรรณไวทยากร อำเภอธาราบริวัตร อำเภอมะโนไพร อำเภอจอมกระสานติ์ และกิ่งอำเภอโพนทอง

อนึ่ง ทางราชการได้คืนฐานะให้เจ้ายุติธรรมธร (หยุย ณ จำปาศักดิ์) อดีตเจ้าผู้ครองนครจำปาศักดิ์ก่อนที่จะตกเป็นเมืองขึ้นของฝรั่งเศส ให้มีฐานะเป็นเจ้าผู้ครองนครอีกครั้งหนึ่ง (แทนการแต่งตั้งผู้ว่าราชการจังหวัด) พระองค์ได้อยู่ในตำแหน่งดังกล่าวจนถึงแก่พิราลัยเมื่อวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2489