จังหวัดนีงาตะมีลักษณะเป็นแนวยาวตามชายฝั่งทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ไปถึงทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ระยะทางประมาณ 250 กิโลเมตร ติดกับทะเลญี่ปุ่น มีลักษณะเป็นที่ราบชายฝั่งสลับกับภูเขา

ในจังหวัดนีงาตะมีการแบ่งออกเป็น 4 เขตใหญ่ตามสภาพภูมิศาสตร์ ดังนี้ โจเอ็ตสึ ภาคใต้, จูเอ็ตสึ ภาคกลาง, คาเอ็ตสึ ภาคเหนือ และเกาะซาโดะ