จันทน์กะพ้อเป็นไม้ต้นขนาดเล็กถึงขนาดกลาง (สูงประมาณ 5-15 เมตร) ต้นค่อนข้างตรง เปลือกเกลี้ยง เรือนยอดเป็นพุ่มรีหรือกว้างใบเป็นใบเดี่ยว รูปรียาว ขนาดยาว 7-9 เซนติเมตร กว้าง 2-3 เซนติเมตร สีเขียวเข้ม เรียงตัวแบบเวียนไปตามกิ่งห่าง ๆ กัน ดอกออกตามกิ่งเป็นช่อเล็ก ๆ ทยอยบานครั้งละ 1-2 ดอก แต่มักจะมีช่อหลายช่อเป็นกระจุกและเรียงเป็นระยะ ๆ ตามกิ่งดอกขนาด 1.2-1.5 เซนติเมตร กลีบเลี้ยงมีขนสีน้ำตาลกลีบดอกเรียงเวียนซ้อนเกยกันเล็กน้อย ด้านในสีขาวนวลหรืออมชมพู ด้านนอกมีแถบแคบ ๆ มีขนละเอียดสีน้ำตาลอมแดง กลิ่นหอมแรง ออกดอกในช่วงเดือนมกราคม-เมษายน