เมื่อสงครามดอกกุหลาบอุบัติขึ้น ริชาร์ดและจาเค็ตตาต่อสู้อยู่ฝั่งแลงคัสเตอร์ซึ่งเป็นฝั่งของพระเจ้าเฮนรีที่ 6 กับมาร์เกอรีตแห่งอ็องฌูที่เป็นทั้งญาติและสหายสนิทอย่างมั่นคง ทว่าเอลิซาเบธ วูดวิลล์ บุตรคนโตของทั้งคู่ได้เปลี่ยนทุกสิ่งทุกอย่างไปอย่างสิ้นเชิง

เอลิซาเบธสมรสตั้งแต่ยังเป็นสาวน้อยกับเซอร์จอห์น เกรย์ อัศวินที่ต่อสู้อยู่ฝั่งแลงคัสเตอร์ในการทำสงคราม เมื่อเขาถูกสังหารที่สมรภูมิเซนต์อัลบันส์ครั้งที่สอง มารดาของเขาไม่ยอมให้บุตรชายทั้งสองของเอลิซาเบธกับจอห์นได้สิทธิ์ในการสืบทอดทรัพย์สินที่ดินของตระกูลเกรย์ ขณะเดียวกันฝ่ายแลงคัสเตอร์ได้พ่ายแพ้ที่สมรภูมิทาวตันในปี ค.ศ. 1461 จึงเสียบัลลังก์ให้แก่ฝ่ายยอร์ก พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 กษัตริย์คนใหม่จากฝั่งยอร์กได้ขึ้นครองบัลลังก์ สามีของจาเค็ตตาและแอนโธนี บุตรชายคนโตในอยู่ฝ่ายแพ้สงครามและถูกจองจำในหอคอยลอนดอน แต่เนื่องจากครอบครัวของจาเค็ตตามีสายสัมพันธ์อันดีกับดยุคแห่งบูร์กอญผู้มีส่วนช่วยในชัยชนะของพระเจ้าเอ็ดชนะ สามีและบุตรชายของจาเค็ตตาจึงได้รับการปล่อยตัวในอีกไม่กี่เดือนต่อมา ขณะที่เอลิซาเบธ บุตรสาวคนโตของจาเค็ตตาได้ร้องเรียนต่อกษัตริย์คนใหม่เป็นการส่วนตัวเพื่อขอสิทธิ์ในการสืบทอดมรดกให้แก่บุตรชาย พระองค์ให้ตามที่เธอขอ ทั้งยังตกหลุมรักเธออย่างหัวปักหัวปำ ทั้งคู่สมรสกันอย่างลับๆ โดยมีเพียงจาเค็ตตา, เด็กร้องเพลงประสานเสียง และนักบวชเป็นสักขีพยาน การสมรสถูกปิดเป็นความลับอยู่ระยะหนึ่งจนกระทั่งลูกพี่ลูกน้องของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดประกาศว่าจะจัดการหมั้นหมายพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดกับเจ้าหญิงฝรั่งเศส เมื่อนั้นพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดจึงได้เปิดเผยเรื่องการสมรสที่สร้างความตกตะลึงให้แก่เซซิลี เนวิลล์ มารดาของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดและริชาร์ด เนวิลล์ ลูกพี่ลูกน้องของพระองค์

เอลิซาเบธได้เป็นพระราชินีขณะที่จาเค็ตตา มารดาของเธอกลายเป็นพระชนนีของพระราชินี หลังต่อสู้อยู่ฝั่งแลงคาสเตอร์มาเป็นเวลาหลายปีจาเค็ตตาได้กลายเป็พระมารดาของพระราชินีฝ่ายยอร์ค ตระกูลวูดวิลล์ทั้งหมดเปลี่ยนฝ่ายมาอยู่ฝ่ายยอร์ค ทำให้จาเค็ตตาต้องสะบั้นมิตรภาพใกล้ชิดที่มีมาอย่างยาวนานกับมาร์เกอรีตแห่งอ็องฌู พระราชินีผู้ถูกปลดออกจากตำแหน่ง

การสมรสกับเอลิซาเบธ วูดวิลล์ของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดสร้างความไม่พอใจให้แก่ลูกพี่ลูกน้องที่ช่วยให้พระองค์ได้ครองมงกุฎ ริชาร์ด เนวิลล์ เอิร์ลแห่งวอริกได้สูญเสียอิทธิพลให้แก่ตระกูลวูดวิลล์ที่เข้ามาครองความเป็นใหญ่ในราชสำนัก เขาจึงหันมาต่อสู้กับเอ็ดเวิร์ดโดยมีเป้าหมายคือให้จอร์จ พระอนุชาของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดขึ้นครองบัลลังก์แทนพระองค์ ทั้งสองฝ่ายทำสมรภูมิห้ำหั่นกันและกระทบกระทั่งกันหลายครั้ง ในปี ค.ศ. 1469 ริชาร์ด เนวิลล์ได้ก่อรัฐประหารขังพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดไว้ในปราสาทมิดเดิลแฮมและขึ้นปกครองประเทศด้วยตนเอง ที่เคนิลเวิร์ธกองทัพของริชาร์ด เนวิลล์ได้จับกุมตัวเซอร์ริชาร์ด วูดวิลล์ เอิร์ลริเวอร์ และจอห์น วูดวิลล์ บุตรชายของทั้งคู่ที่สมรสกับป้าผู้สูงวัยของเอิร์ลแห่งวอริก ทั้งคู่ถูกตัดหัวอย่างไม่ชอบด้วยกฎหมายโดยไม่มีการไต่สวน การสังหารสามีและบุตรชายของจาเค็ตตา (ซึ่งเป็นบิดาและพี่น้องชายของเอลิซาเบธ) ทำให้เขากลายเป็นศัตรูของพระราชินีและพระชนนีของพระนาง