ในระหว่างการถ่ายทำซีรีส์ชุด The X-Files จิลเลียนพบกับ ไคลด์ คลอทซ์ (Clyde Klotz) ทั้งคู่สมรสกันในวันที่ 1 มกราคม ปี 1994 และมีบุตรสาวด้วยกัน 1 คน คือ ไพเพอร์ มารุ แอนเดอร์สัน-คลอทซ์ (Piper Maru Anderson-Klotz) โดยถือกำเนิดเมื่อวันที่ 25 กันยายน ปี 1994 ต่อมาในภายหลังจิลเลียนหย่ากับคู่สมรสเมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ ค.ศ.1997