ด่านถาวรบ้านห้วยโก๋น แรกเริ่มจัดตั้งเป็นจุดผ่านแดนถาวรตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 9 สิงหาคม พ.ศ. 2537[1] โดยมีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2537 ซึ่งในขณะนั้นด่านห้วยโก๋น ประเทศไทยมีฐานะเป็นด่านสากล แต่ด่านเมืองเงิน แขวงไชยบุรี เป็นด่านในระดับท้องถิ่น จึงมีปัญหาในการเข้าออกผ่านแดนของชาวต่างชาติ

ต่อมาในปี พ.ศ. 2546 องค์การบริหารส่วนจังหวัดน่านได้ทำการก่อสร้างอาคารร้านค้า ถนน ตลาดการค้าชายแดนไทย–ลาว และซุ้มประตูด้วยงบประมาณ 28 ล้านบาทเศษ บนพื้นที่ก่อสร้างประมาณ 19 ไร่ และในปีงบประมาณ 2550 องค์การบริหารส่วนจังหวัดน่านได้จัดสรรงบประมาณจากจังหวัดน่าน ก่อสร้างอาคารและระบบสาธารณูปโภคสาธารณูปการเพิ่มเติมอีกประมาณ 10 ล้านบาท โดยมีองค์การบริหารส่วนตำบลห้วยโก๋นเป็นหน่วยงานรับผิดชอบดูแล และเมื่อวันที่ 21 ธันวาคม พ.ศ. 2551 ได้รับการยกระดับเป็นด่านสากลห้วยโก๋น-น้ำเงิน จนถึงปัจจุบัน