ด่านภูดู่ในอดีต คือ เส้นทางคมนาคมระหว่างกรุงสุโขทัยกับอาณาจักรล้านช้าง โดยการเดินทางได้ปรากฏในศิลาจารึกหลักที่ 1 ที่มีตัวอักษรจารึกไว้ว่า "การเดินทางไปยังอาณาจักรล้านช้างต้องใช้เมืองสวางคบุรีเป็นทางผ่านในการขนส่งสินค้าจากกรุงสุโขทัยไปยังล้านช้าง" ซึ่งจากคำจารึกนี้สามารถบอกได้ว่าอุตรดิตถ์นั้นเดิมเป็นทางเดินผ่านจากกรุงสุโขทัยไปยังล้านช้าง เมืองสวางคบุรีที่กล่าวถึง คือ เมืองเมืองหนึ่งที่ตั้งอยู่ในเขตจังหวัดอุตรดิตถ์ มีหลักฐานบางอย่างกล่าวว่าเป็นเมืองลูกหลวงของอาณาจักรสุโขทัย แต่ในหนังสือประวัติศาสตร์จะไม่ปรากฏชื่อเมืองสวางคบุรีเป็นเมืองลูกหลวง ในเชิงวิชาการสามารถอธิบายได้ว่า อุตรดิตถ์เป็นเมืองผ่านที่สำคัญในสมัยกรุงสุโขทัย เพราะการเดินไปยังลาวต้องใช้เส้นทางนี้

ชื่อของด่านภูดู่มาจากชื่อภูเขาที่กั้นเป็นพรมแดนธรรมชาติระหว่างประเทศไทยและประเทศลาวชื่อว่า ภูเขาภูดู่จึงนำมาใช้เป็นชื่อของด่านชายแดน ในระยะแรกเมื่อเปิดด่านถาวรรัฐบาลไทยจะใช้ชื่อว่าจุดผ่านแดนถาวรภูดู่ ส่วนด่านผาแก้ว-บวมเลา ซึ่งแต่เดิมเป็นด่านประเพณี ถูกยกระดับขึ้นเป็นด่านท้องถิ่นผาแก้ว และเปลี่ยนชื่อใหม่ในวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2558 ให้ใช้ชื่อด่านชายแดนนี้ว่า "ด่านสากลภูดู่"

ปัจจุบันด่านภูดู่อยู่ในความดูแลขององค์การบริหารส่วนจังหวัดอุตรดิตถ์และองค์การบริหารส่วนตำบลม่วงเจ็ดต้น โดยจุดแข็งของด่านภูดู่คือการเชื่อมต่อการเดินทาง และการขนส่งสินค้าจากประเทศไทยไปนครหลวงเวียงจันทน์ และเมืองหลวงพระบาง ประเทศลาวที่สั้นและสะดวกที่สุดของประเทศไทย รวมทั้งเป็นจุดผ่านแดนขนถ่ายเครื่องมือ และอุปกรณ์ในการก่อสร้างสะพานข้ามแม่น้ำโขงเชื่อมระหว่างเมืองปากลายกับนครหลวงเวียงจันทน์ ประเทศลาวอีกด้วย จุดอ่อนของด่านภูดู่คือยังไม่สามารถขอใช้พื้นที่ 1,500 ไร่ ซึ่งเป็นพื้นที่ป่าเสื่อมโทรมของกรมป่าไม้ได้

ในอนาคตด่านสากลภูดู่ เมืองปากลายฝั่งตรงข้ามด่านภูดู่จะยกระดับขึ้นเป็นเขตเศรษฐกิจพิเศษไชยบุรีของประเทศลาว โดยรัฐบาลลาวมีเป้าหมายที่จะพัฒนาให้ด่านภูดู่เป็นศูนย์กลางในการเชื่อมต่อกับประเทศไทย และเข้าไปยังพื้นที่ชั้นในของภาคตะวันออกและภาคตะวันตกของลาว ซึ่งรัฐบาลลาวจะนำด่านแดนสรรค์ แขวงสุวรรณเขต กับด่านลาวบาว ประเทศเวียดนาม ซึ่งเป็นด่านสากลแห่งแรกของลาวกับเวียดนาม มาเป็นตัวแบบให้กับด่านภูดู่ มีการก่อสร้างสะพานปากลายเพื่อเชื่อมแขวงไชยบุรีกับนครหลวงเวียงจันทน์ (สะพานข้ามแม่น้ำโขงแห่งที่ 5), ทางหลวงหมายเลข 11 (R11: บ้านตาดทอง-บ้านน้ำสัง และเมืองสังข์ทอง) มีการเรียกร้องให้จัดตั้งด่านศุลกากรภูดู่ขึ้นในอนาคต และมีโครงการเปิดการเดินรถประจำทางระหว่างประเทศจากพิษณุโลก-อุตรดิตถ์-หลวงพระบางอีกด้วย