จุนอิจิโร โคอิซูมิ เกิดเมื่อวันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2485 ที่ เมืองโยโกซูกะ จังหวัดคานางาวะ ในครอบครัวนักการเมือง มีพี่น้อง 6 คน เข้ารับการศึกษาที่มหาวิทยาลัยเคโอ ในสาขาเศรษฐศาสตร์และจบเมื่อปี พ.ศ. 2510 และศึกษาต่อที่ มหาวิทยาลัยลอนดอน ในสาขาเศรษฐศาสตร์ แต่กลับมาญี่ปุ่นเมื่อปี 2512 หลังจากบิดาเสียชีวิต

จุนอิจิโร โคอิซูมิ แต่งงานกับภรรยาซึ่งอายุห่างกัน 14 ใช้ชีวิตสมรสเพียง 4 ปีก็หย่าร้าง