พลตำรวจเอก ชนสิษฎ์ วัฒนวรางกูร สมรสกับ นางกอบกาญจน์ วัฒนวรางกูร[5] อดีตรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา รัฐบาล พลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา , อดีตคณะกรรมการที่ปรึกษาพิเศษของนายกรัฐมนตรี ซึ่งปัจจุบัน  ดำรงตำแหน่งประธานกรรมการบริหาร โตชิบา ไทยแลนด์ จำกัด ,ประธานกรรมการ ธนาคารกสิกรไทย จำกัด(มหาชน) มีบุตร 2 คน คนแรก นายภากร หรือไผ่ วัฒนวรางกูร อายุ 27 ปี อยู่ระหว่างศึกษาที่มหาวิทยาลัยนานาชาติแสตมฟอร์ต  และ น.ส.แพรวา หรือแพร วัฒนวรางกูร อายุ 23 ปี อยู่ระหว่างศึกษาที่มหาวิทยาลัยที่ประเทศสหรัฐอเมริกา