นายชัยยง เอื้อวิริยานุกูล เริ่มรับราชการเมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2516 ในตำแหน่งครูตรี สังกัดวิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา วิทยาเขตเทคนิคภาคพายัพ อำเภอเมืองเชียงใหม่ จังหวัดเชียงใหม่ ด้านการบริหาร นายชัยยง เอื้อวิริยานุกูล ได้รับตำแหน่งในการบริหารเป็นรองคณบดีฝ่ายวางแผนและพัฒนา คณะวิศวกรรมและเทคโนโลยีการเกษตร สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล (คลองหก) ผู้อำนวยการวิทยาเขตเชียงราย ผู้อำนวยการวิทยาเขตภาคพายัพ ผู้ช่วยอธิการบดี ดูแลกิจการหน่วยงานของสถาบันในกลุ่มภาคเหนือ รองอธิการบดีมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา ฝ่ายบริหาร

ต่อมาในปี พ.ศ. 2548 ได้มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา ซึ่งนายชัยยง เอื้อวิริยานุกูล ได้รับการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นอธิการบดีคนแรก[1]

ด้านการวิจัยนายชัยยง เอื้อวิริยานุกูล ได้รับการแต่งตั้งเป็นที่ปรึกษาคณะกรรมการบริหารงานวิจัย สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ