ชากีรา อิซาเบล เมบารัก ริโปล เกิดวันที่ 2 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2520 ที่บาร์รังกิยา ประเทศโคลอมเบีย เป็นบุตรเพียงคนเดียวของ แม่ค้าอัญมณีชาวโคลอมเบียเชื้อสายสเปน (กาตาลาและกัสติยา)[7][8] และอิตาลี[9] ชื่อ นิเดีย ริโปล และนักเขียนเชื้อสายเลบานอน ชื่อ วิลเลียม เมบารัก ชาดิด เนื่องจากปู่และย่าของชากีราเป็นชาวเลบานอนและได้อพยพไปที่นิวยอร์ก สหรัฐ ก่อนที่จะย้ายมายังประเทศโคลอมเบีย[10][11][12][13][14] เธอมีพี่น้องต่างมารดาอีก 8 คน จากการสมรสครั้งใหม่ของบิดา[15] ชื่อ ชากีรา (อาหรับ: شاكرة‎) เป็นภาษาอาหรับมีความหมายว่า "ความรู้สึกปลื้มปิติ"

แม้ชากีราจะใช้ภาษาสเปนเป็นหลัก แต่เธอก็สามารถใช้ภาษาอังกฤษและภาษาโปรตุเกสได้ดี รวมถึงสามารถใช้ภาษาอิตาลี, ภาษาฝรั่งเศสได้บ้าง[16][17]

เมื่อตอนอายุ 10 ปี ชากีราชนะการแข่งขันคว้าตำแหน่งชนะเลิศในการประกวดร้องเพลงในระดับท้องถิ่นและระดับชาติ และได้เป็นตัวแทนไปร่วมงานเทศกาลเพลงโอตีที่ประเทศสเปน แต่งานจำกัดอายุไว้ที่ 16 ปี จึงทำให้ชากีราไม่สามารถเข้าร่วมงานได้ ต่อมาเมื่ออายุ 13 ปี เธอได้ย้ายไปอยู่ที่กรุงโบโกตาเพื่อทำอาชีพนางแบบ และได้เซ็นสัญญากับโซนีมิวสิกโคลอมเบีย เมื่ออายุ 13 ปี ออกผลงานชื่ออัลบั้ม Magia และต่อมาออกผลงานชุดที่ 2 คือ Peligro[18]