ปรากฏหลักฐานว่ามีชาวสยามเข้าไปค้าขายกับอาณาจักรต่าง ๆ ในอินโดนีเซียมาตั้งแต่ยุคอาณาจักรสุโขทัย[2] เคยมีการติดต่อกับรัฐสุลต่านปาไซตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 16[3] ดังการค้นพบเครื่องสังคโลกในอินโดนีเซียจำนวนมาก[2] และมีการค้าขายเรื่อยมาจนถึงอาณาจักรอยุธยา[4] โดยมีการตั้งสถานีการค้าและชุมชนสยามในอินโดนีเซียด้วย[5]

ในช่วงเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. 2475 สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้าบริพัตรสุขุมพันธุ์ กรมพระนครสวรรค์วรพินิต และสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้านิภานภดล วิมลประภาวดี กรมขุนอู่ทองเขตขัตติยนารีทรงลี้ภัย และเลือกประทับที่เมืองบันดุง หมู่เกาะอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ โดยสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระนครสวรรค์วรพินิตประทับ ณ พระตำหนักประเสบัน (Preseban) ส่วนสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมขุนอู่ทองเขตขัตติยนารีประทับ ณ พระตำหนักดาหาปาตี (Dahapati) พระตำหนักทั้งสองตั้งอยู่ที่ถนนจีปากันตี (Cipaganti) ด้านหน้าพระตำหนักทั้งสองมีวงเวียนขนาดย่อมชื่อวงเวียนสยาม (Bunderan Siam) เจ้านายทั้งสองพระองค์ประทับที่นั่นจนกระทั่งสิ้นพระชนม์[6]

ปัจจุบันมีชาวไทยเข้ามาอาศัยในประเทศอินโดนีเซีย โดยมากเป็นนักศึกษามุสลิมจากจังหวัดชายแดนภาคใต้ราว 400-500 คน ส่วนใหญ่เข้าศึกษาด้านอิสลามศึกษาและครุศาสตร์กระจายอยู่ตามหัวเมืองใหญ่ นอกนักเป็นนักธุรกิจ คู่สมรสชาวไทย เจ้าหน้าที่องค์การนานาชาติ ข้าราชการ และพระสงฆ์ที่เข้าไปเผยแผ่ศาสนา[7]

นอกจากนี้ยังมีลูกเรือประมงชาวไทยที่ถูกหลอกไปทำงานเป็นแรงงานทาส ที่ต่อมาได้หลบหนีออกจากเรือไปอาศัยอยู่ตามหมู่บ้านชาวประมงในแถบเมืองอัมบน (Ambon), ตวล (Tual) และเบนจีนา (Benjina) จังหวัดมาลูกู[8] โดยเฉพาะที่เมืองตวล บางคนอาศัยอยู่อย่างหลบซ่อนนานกว่า 18 ปี[9] มีคนไทยตกค้างอยู่ 8 คน (พ.ศ. 2562) พวกเขาไม่ได้รับการช่วยเหลือจากรัฐบาลไทยเพราะไม่มีบัตรประชาชน[10] ส่วนเกาะเบนจีนามีคนไทยตกค้างอยู่ 5 คน (พ.ศ. 2558)[11] พ.ศ. 2558 รัฐบาลไทยส่งชุดเฉพาะกิจเข้าสำรวจลูกเรือชาวไทยที่ถูกทอดทิ้งตามเกาะแก่งต่าง ๆ ในประเทศอินโดนีเซีย พบว่ามีคนไทยตกค้างไม่ต่ำกว่า 2,000 คน[12]