สโมสรช็อนนัมก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 16 ธันวาคม ค.ศ. 1994 โดยมีผู้จัดการทีมคนแรกคือ Jung Byung-Tak อดีตปีกซ้ายทีมชาติเกาหลีใต้

วันที่ 25 มีนาคม ค.ศ. 1995 ช็อนนัมลงเล่นในเคลีกเป็นนัดแรก โดยฤดูกาลที่ทำผลงานได้ดีที่สุดคือฤดูกาล 1997 ซึ่งช็อนนัมจบอันดับที่สองในเคลีก และคว้าแชมป์โคเรียนเอฟเอคัพ ต่อมาในปี ค.ศ. 1999 ช็อนนัมคว้ารางวัลรองชนะเลิศเอเชียนคัพวินเนอร์สคัพ และในปี ค.ศ. 2007 พวกเขาคว้าแชมป์เอฟเอคัพเป็นสมัยที่สอง

วันที่ 27 ธันวาคม ค.ศ. 2007 ช็อนนัมได้ Park Hang-Seo มาเป็นผู้จัดการทีมคนใหม่ แทนที่ของ Huh Jung-Moo ที่ย้ายไปรับงานผู้จัดการทีมชาติเกาหลีใต้