ในช่วงยุคสุดท้ายของยุคน้ำแข็ง เมื่อระดับน้ำทะเลต่ำกว่าปัจจุบันหลายร้อยฟุต แม่น้ำแซคราเมนโตที่ได้รับน้ำจากธารน้ำแข็งและแม่น้ำซานโฮควินได้ร่วมกันกัดกร่อนร่องน้ำลึกผ่านชั้นหินเบื้องล่างระหว่างทางสู่มหาสมุทร (กระบวนการที่คล้ายกันได้สร้างหุบผาฮัดสันแคนยอนใต้น้ำนอกชายฝั่งรัฐนิวยอร์กและนิวเจอร์ซีย์)

ปัจจุบันช่องแคบโกลเดนเกตเลื่องชื่อในแวดวงธรณีวิทยาเนื่องจากความลึกและกระแสน้ำเชี่ยวที่รุนแรงจากมหาสมุทรแปซิฟิก วังน้ำวนขนาดเล็กและน้ำวนวนจำนวนมากสามารถก่อตัวขึ้นในน้ำ ด้วยสภาพแวดล้อมที่ท้าทาย ประกอบด้วยกระแสน้ำแรง พื้นท้องทะเลอันขรุขระ และหมอกหนา ช่องแคบโกลเดนเกตจึงกลายเป็นสุสานเรืออับปางกว่า 100 ลำ[3]