เหตุการณ์ต่อมาเป็นอย่างไรนั้น รายละเอียดค่อนข้างยุ่งเหยิงปนเปอยู่ในเรื่องเล่าขานของชาวบ้านและรายงานมากมายบนหน้าหนังสือพิมพ์ที่เน้นขายข่าวแบบจับกระแส เนื้อหาส่วนใหญ่ระบุว่า หลังจากนั้น ช้างแมรีสงบอารมณ์ลงได้ และมิได้เข้าโจมตีผู้คนที่มุงดูอยู่ ส่วนผู้คนเหล่านั้นเริ่มกู่ร้องว่า "ฆ่าช้างเสีย เอาช้างไปฆ่าเสีย" (Kill the elephant! Let's kill it.) ไม่กี่นาทีให้หลัง ช่างตีเหล็กคนหนึ่งนาม เฮนช์ คอกซ์ (Hench Cox) ตรงเข้ามาจะฆ่าช้างแมรี โดยยิงปืนขึ้นฟ้าห้านัด แต่ไม่เกิดผลอันใดมากนัก[3] ขณะเดียวกัน ผู้บริหารเมืองหลายแห่งในแถบนั้นพากันแถลงว่า จะไม่ให้คณะละครนี้เข้าเมือง ถ้ามีช้างแมรีมาด้วย ชาร์ลี สปากส์ เจ้าของคณะละคร จึงฝืนใจตัดสินให้เอาช้างแมรีไปฆ่าในที่สาธารณะ สถานการณ์จะได้คลี่คลายโดยเร็ว ดังนั้น ในวันถัดมา คือ 13 กันยายน ค.ศ. 1916 ซึ่งมีฝนตกและหมอกจัด ช้างแมรีก็ถูกขนขึ้นรถรางไปยังเทศมณฑลยูนิคอย (Unicoi) รัฐเทนเนสซี เพื่อประหารชีวิตที่ลานของการรถไฟคลินช์ฟีลด์ (Clinchfield Railroad) มีผู้คนมาคอยชมกว่า 2,500 คน ในจำนวนนี้รวมถึงเด็กเกือบทั้งหมดของเมืองด้วย

ช่วงเวลาระหว่าง 16–17 นาฬิกาของวันที่ 13 กันยายนนั้น ช้างแมรีถูกเชือกคล้องคออยู่บนปั้นจั่นการรถไฟเพื่อประหารชีวิต[5] ในการลงมือครั้งแรก เชือกขาด ช้างแมรีร่วงลงมากระแทกพื้นอย่างแรงจนช่วงสะโพกหัก เด็กที่ยืนชมอยู่เบื้องล่างแตกหนีกันจ้าละหวั่น จึงมีการพยายามแขวนคอฆ่าช้างแมรีที่บาดเจ็บหนักอยู่แล้วนั้นอีกครั้ง และครั้งนี้ ฆ่าช้างสำเร็จ มีการเรียกสัตวแพทย์มาชันสูตรยืนยันการตาย แพทย์ตรวจพบว่า ช้างแมรีมีอาการปวดอย่างหนักอยู่แล้วในงาใกล้กับบริเวณที่ครูฝึกเอาตะขอสับลงไป เมื่อโดนตะขอสับ จึงกระตุ้นความเจ็บปวด และเกิดเกรี้ยวโกรธขึ้น จนนำไปสู่เหตุการณ์สังหารครูฝึก เมื่อฆ่าช้างแมรีกันแล้ว ได้นำซากช้างไปฝังไว้ริมทางรถไฟ[6]

มีภาพถ่ายการช้างแมรีถูกประหารอยู่ภาพหนึ่งซึ่งได้รับการเผยแพร่อย่างกว้างขวาง แต่ก็ผ่านการตกแต่ง (retouch) มาแล้วอย่างยิ่ง ดังนั้น หลายปีหลังจากการประหาร นิตยสาร อาร์โกซี (Argosy) จึงออกมาตั้งข้อสงสัยเกี่ยวกับความแท้จริงของภาพดังกล่าว[3]