ซองเกาะเป็นเครื่องดนตรีที่มีความเก่าแก่มาก[4] สันนิษฐานกันว่าอาจได้รับการคิดค้นขึ้นตั้งแต่ประมาณ ค.ศ. 500 จากอินเดียตะวันออกเฉียงใต้ โดยพิจารณาจากหลักฐานทางโบราณคดี กล่าวคือ รูปนูนที่วัดพม่าแห่งหนึ่งซึ่งแกะเป็นรูปพิณคอยาวและมีลักษณะใกล้เคียงกับรูปนูนพิณที่พบในภูมิภาคเบงกอล[5] หลักฐานทางโบราณคดีที่ว่านั้นอยู่ที่แหล่งโบราณคดีวัดบอบอจีแห่งอาณาจักรศรีเกษตรของชาวปยู ใกล้กับเมืองแปรในปัจจุบัน สร้างเมื่อประมาณต้นคริสต์ศตวรรษที่ 8 พิณชนิดดังกล่าวได้รับการกล่าวถึงในพงศาวดารและเอกสารหลายฉบับ รวมทั้งพงศาวดารจีนร่วมสมัยเดียวกันซึ่งกล่าวถึงนักดนตรีชาวปยูที่เล่นพิณทรงโค้งด้วย และต่อมาคำว่า "ซอง" ซึ่งแปลว่าพิณในภาษาพม่าก็ได้รับการบันทึกไว้ตามวัดต่าง ๆ ในสมัยอาณาจักรพุกาม

ซองเกาะยังคงมีการเล่นกันมาอย่างต่อเนื่อง แต่มาเฟื่องฟูมากในยุคฟื้นฟูศิลปวิทยาการในสมัยราชวงศ์คองบอง เมื่อพระเจ้ามังระได้ทรงกวาดต้อนเชลยศึกชาวสยามจากสงครามเสียกรุงศรีกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 มาเป็นจำนวนมาก ในจำนวนเชลยศึกเหล่านี้ก็มีนักแสดงและนักดนตรีรวมอยู่ด้วย จึงได้มีลองเล่นรวมไปถึงการผสมผสานศิลปะดนตรีระหว่างสองประเทศเข้าด้วยกัน มีการดัดแปลงเพลงของสยามให้เป็นเพลงในรูปแบบพม่า หรือสร้างแนวเพลงขึ้นสำหรับเครื่องสาย และรวมไปถึงซองเกาะอีกด้วย จึงถือว่าเป็นยุคที่ซองเกาะมีบทบาทสำคัญมากขึ้น ภายหลังได้มีการดัดแปลงโครงสร้างของพิณโดยการเพิ่มสายจากเจ็ดสายมาเป็นสิบสามสาย และกลายมาเป็นสิบหกสายแบบในปัจจุบัน[3]