ซอน ซานเป็นผู้ก่อตั้งแนวร่วมปลดปล่อยแห่งชาติประชาชนเขมร ใน พ.ศ. 2521 เพื่อรวมผู้อพยพที่ต่อต้านคอมมิวนิสต์ตามแนวชายแดนไทย เป็นกองกำลังต่อต้านรัฐบาลคอมมิวนิสต์ที่มีเวียดนามหนุนหลัง ซึ่งต่อมาได้ร่วมมือกับกองทัพแห่งชาติเจ้าสีหนุเพื่อเป็นกลุ่มต่อต้านที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์ ต่อมา ใน พ.ศ. 2525 จัดตั้งรัฐบาลแนวร่วมแห่งกัมพูชาประชาธิปไตยหรือรัฐบาลผสมกัมพูชาประชาธิปไตยหรือแนวร่วมเขมรสามฝ่ายร่วมกับพรรคกัมพูชาประชาธิปไตยของพล พต โดยซอน ซานดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี[4]ในช่วง พ.ศ. 2523 – 2533 ซอน ซานได้รับการสนับสนุนทางการเงินและอาวุธอย่างจำกัดจากสหรัฐเพื่อต่อต้านโซเวียตและเวียดนามในกัมพูชา

หลังการเจรจาไกล่เกลี่ยโดยสหประชาชาติ และมีการลงนามในข้อตกลงสันติภาพปารีสในปีพ.ศ. 2534 ซอน ซานได้ก่อตั้งพรรคการเมืองชื่อพรรคประชาธิปไตยเสรีนิยมชาวพุทธ (Buddhist Liberal Democratic Party) ในการเลือกตั้งทั่วไป พ.ศ. 2536 พรรคนี้ได้รับเลือกตั้ง 10 ที่นั่ง และเข้าร่วมรัฐบาลผสม ซึ่งเป็นเสียงข้างน้อยในรัฐบาลผสม โดยดำรงตำแหน่งประธานรัฐสภากัมพูชาเป็นระยะเวลาสั้นๆ ช่วงเดือนมิถุนายน-ตุลาคม พ.ศ. 2536 ในปี พ.ศ. 2540 ซอน ซานได้เกษียณตัวเองทางการเมืองเนื่องจากปัญหาทางสุขภาพ และเดินทางไปใช้ชีวิตกับครอบครัวในกรุงปารีส จนกระทั่งเสียชีวิตด้วยวัย 89 ปี ในปี พ.ศ. 2543 [5]