หลังจากที่เขมรแดงยึดพนมเปญได้ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2518 เซนได้เป็นรองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ดูแลหน่วยสันติบาลซึ่งเป็นตำรวจลับและเป็นผู้ดูแลคุกตวลแซลง เขาจึงเกี่ยวข้องกับการสังหารผู้คนจำนวนมากโดยเฉพาะศัตรูของรัฐบาล ร่วมมือกับกัง เก็ก เอียวที่เป็นผู้ควบคุมคุกตวลแซลง เซนนั้นมีแนวคิดต่อต้านเวียดนามอย่างรุนแรง นอกจากนั้น ภายในพรรคยังระแวงเกี่ยวกับความปลอดภัยสูง จึงมีการใช้ชื่อปลอมหรือหมายเลขในเอกสารภายใน เซนมักใช้ชื่อปลอมว่าเขียว และใช้หมายเลขว่า “พี่ชาย 89”

เซนยังมีหน้าที่ในการดูแลกองทัพแห่งชาติหรือกองทัพปฏิวัติกัมพูชาตั้งแต่ พ.ศ. 2520 – 2521 เขาได้เพิ่มความตึงเครียดทางทหารต่อเวียดนามตลอดแนวชายแดน รวมทั้งการกวาดล้างครั้งใหญ่ในเขตตะวันออกเพราะเขาเชื่อว่ามีความเชื่อมโยงกับเวียดนาม เมื่อเกิดสงครามกับเวียดนามและสถานการ์ของกัมพูชาประชาธิปไตยแย่ลง บทบาทของเซนเริ่มลดลงและเกือบจะเป็นเหยื่อของหน่วยสันติบาลเสียเอง หากไม่เป็นเพราะเวียดนามเป็นฝ่ายชนะไปเสียก่อน