ราชินีซอนต็อก กล่าวถึงเรื่องราวขององค์หญิงต๊อกมานที่ถูกทอดทิ้ง ระหกระเหินออกจากวังหลวงด้วยเหตุอันมาจากคำพยากรณ์ที่เป็นอัปมงคล ต้องทุกข์ทรมานแสนสาหัส เผชิญกับการฝ่าฟันแย่งชิงอำนาจในวังหลวงจนกลายเป็น ปฐมราชินี แห่ง อาณาจักรซิลลา ราชินีซอนต็อก

โดยเนื้อเรื่องกล่าวถึง มีซิล ครองอำนาจล้นฟ้าในวังหลวง พระเจ้าจินพยองและมเหสีมายาให้กำเนิดพระธิดาฝาแฝด สำหรับพระเจ้าจินพยองแล้ว การให้กำเนิดพระธิดาฝาแฝดกับเป็นสิ่งอัปมงคล ด้วยยึดติดคำพยากรณ์ที่ว่า ให้กำเนิดลูกสาวฝาแฝด สิ้นชายครองบัลลังก์ พระเจ้าจินพยองทรงไม่มีทางเลือกจึงจำต้องส่งคนพาต็อกมาน พระธิดาแฝดองค์รองไป จากวังหลวง แต่มิซิลกลับส่งคนไปลอบสังหาร

ในช่วงที่มีซิลมีอำนาจล้นฟ้า องค์หญิงชอน-มยอง พระธิดาฝาแฝดองค์โต ซึ่งมีไหวพริบสติปัญญาเฉลียวฉลาดเหนือคนธรรมดาก็ตัดสินใจ เก็บซ่อนอารมณ์ความรู้สึกเอาไว้ไม่ให้มีซิลรู้ แต่ในทุกครั้งที่ประสบวิกฤต ความสามารถและภาวะผู้นำขององค์หญิงชอน-มยองก็ปรากฏออกมาจนสามารถฝ่าฟันวิกฤติ ไปได้ทั้งที่องค์หญิงชอน-มยองและคิมยองซูแต่งงานกันจนมีลูกชายด้วยกันหนึ่งคนชื่อว่า คิมชุนชูก็ตาม แต่ดวงใจขององค์หญิงชอน-มยองกลับปฏิพัทธ์ต่อคิมยูซิน ซึ่งเคยช่วยชีวิตนางมาก่อน

คิมยูซินแม่ทัพแคว้นซิลลามีวรยุทธลึกล้ำ หลังจากที่ช่วยชีวิตองค์หญิงชอน-มยองให้รอดพ้นจาการปองร้ายของมีซิลแล้วก็ได้รู้จักกับต๊อกมาน ในช่วงเวลาที่คิมยูซินให้ความช่วยเหลือองค์หญิงต๊อกมาน สานความฝันที่จะรวบรวมสามาแคว้นเป็นหนึ่งเดียวกันให้กลายเป็นจริงขึ้นมานั่นเอง

คิมยูซินตกหลุมรักองค์หญิงต๊อกมาน กลายเป็นคนที่อยู่เคียงข้างสนับสนุนองค์หญิงต๊อกมานด้วยความภักดี จากความช่วยเหลือของคิมยูซิน ในที่สุดองค์หญิงต๊อกมานก็สามารถโค่นอำนาจของมีซิลลงได้กลายเป็นปฐมราชินี แห่งแคว้นซิลลา