พ.ศ. 2506 กอซิมถูกยึดอำนาจจากการก่อรัฐประหารซึ่งพรรคบะอัธร่วมสนับสนุน อับดุล ซาลัม อาริฟ ขึ้นเป็นประธานาธิบดีและพรรคบะอัธได้ร่วมคณะรัฐมนตรี ในช่วงนี้ซัดดัมแต่งงานกับซาญิดะห์ ตุลฟะห์ ลูกของลุง ต่อมาอารีฟขัดแย้งกับพรรคบะอัธ และขับออกจากรัฐบาล ซัดดัมถูกจับในปี พ.ศ. 2507

พรรคบะอัธขึ้นมามีอำนาจในปี พ.ศ. 2511 หลังจากที่ก่อรัฐประหารยึดอำนาจจากอาริฟ อะฮ์มัด อัลบะกัร ขึ้นเป็นประธานาธิบดี และซัดดัมได้รับตำแหน่งรองประธานาธิบดี ในปี พ.ศ. 2519 ซัดดัมได้รับตำแหน่งนายพลในกองทัพอิรัก ซัดดัมเริ่มมีอิทธิพลในรัฐบาลสูงขึ้นเรื่อยๆ ซัดดัมเป็นผู้วางแผนนโยบาลการต่างประเทศ และเป็นตัวแทนในพิธีทางการทูตต่างๆ หลังจากที่กุมอำนาจอยู่เบื้องหลังมาสิบเอ็ดปี ซัดดัมขึ้นดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีในวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2522 หลังจากนั้นไม่นาน สมาชิกพรรคบะอัธ 22 คนถูกสั่งประหารชีวิตในข้อหากบฏ

ซัดดัมพัฒนาประเทศให้ทันสมัย โดยมีการให้เสรีภาพสตรีที่เพิ่มขึ้น และให้งานตำแหน่งสูงๆในรัฐบาลและอุตสาหกรรม ซัดดัมยังสร้างระบบกฎหมายแบบตะวันตก ทำให้อิรักเป็นประเทศเดียวในอ่าวเปอร์เซียที่ไม่ได้ปกครองด้วยกฎหมายอิสลาม (ชาเรีย) ซัดดัมสร้างลัทธิชาตินิยมอิรัก บ่อยครั้งที่เขาเอ่ยถึงยุคสมัยอับบาซียุน ซึ่งแบกแดดเป็นศูนย์กลางทางด้านการเมือง เศรษฐกิจ และวัฒนธรรมของโลกอาหรับ เขายังเน้นบทบาทของอิรักในยุคก่อนศาสนาอิสลามในฐานะเมโสโปเตเมีย ซึ่งเป็นอารยธรรมเก่าแก่สมัยโบราณ โดยกล่าวโดยอ้อมไปถึงผู้นำสมัยโบราณอย่างพระเจ้านาบูชาเดรซซาที่ 2 และพระเจ้าฮัมบูราบี ซัดดัมทุ่มเททรัพยากรให้กับการค้นคว้าทางโบราณคดี เขายังได้พยายามรวมลัทธิแพนอาหรับกับชาตินิยมอิรัก ด้วยการสนับสนุนภาพของโลกอาหรับที่รวมเป็นหนึ่งเดียวภายใต้การนำของอิรัก ความนิยมตัวผู้นำซัดดัมกระจายทั่วสังคมอิรัก ภาพของซัดดัมปรากฏทั่วไปทั้งบนอาคาร โรงเรียน สนามบิน ร้านค้าต่าง ๆ เช่นเดียวกับบนเงินตราของอิรัก