ผู้นำที่เป็นหลักของนิกายซากยาเรียกว่า ปัญจะสังฆราช ได้แก่ ลาเซ็น กุงกะนิงโป, โสนัมเซโม, ดักปะ เจลเซ่น, ซากยาบัณฑิต, กุงกะ เจลเซ่น, และโจเกินเชอกยาพักปา นอกจากนี้ยังมีอาจารย์ที่ร่วมพัฒนานิกายซากยา เรียกอลังการทั้ง 6 เช่น งอเซ็น กุงกะ ซังโป, ซองปะกุง กะนัมกยัล, โครัมเสนัม เซ็งเก, ซากยา โชเด็น เป็นต้น