เนื้อเรื่องของ ซากุราดะ รีเซ็ต จะเล่าเกี่ยวกับเมืองสมมุติชื่อ ซากุราดะ ซึ่งเป็นเมืองเล็ก ๆ อันห่างไกลที่ประชากรกว่าครึ่งเมืองมีพลังพิเศษ แต่เป็นพลังเล็ก ๆ น้อย ๆ ซึ่งหากออกไปจากเมืองก็จะลืมเลือนว่าพลังของตนคืออะไร

ฮารุกิ มิโซระ สาวชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นเป็นหนึ่งในประชากรกว่าครึ่งของเมืองที่มีพลังพิเศษ โดยพลังของเธอนั่นเป็นพลังที่สามารถ "ย้อนกลับ" ให้โลกย้อนเวลาได้แต่ไม่สามารถจดจำสิ่งที่เกิดขึ้นไปแล้ว เธอได้ไปร่วมมือกับอะไซ เคย์ หนุ่มชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นอีกคนที่มีความสามารถ "จดจำ" เรื่องราวทุกอย่างได้ แม้แต่โลกที่ถูกมิโซระย้อนกลับไป ทั้งสองต่างใช้พลังที่มีอยู่เพื่อแก้ปัญหาและปริศนาต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นในเมืองซากุราดะแห่งนี้