ซากูราจิมะตั้งอยู่ในแคลดีราไอระที่ก่อตัวขึ้นจากการปะทุครั้งใหญ่เมื่อ 22,000 ปีก่อน[4] เถ้าธุลีภูเขาไฟและหินพัมมิซปริมาตรหลายร้อยลูกบาศก์กิโลเมตรถูกขับออกมา ทำให้โพรงหินหนืดใต้ช่องทางปะทุยุบตัวลง แคลดีราที่เกิดขึ้นมีขนาดมากกว่า 20 กิโลเมตร Tephra ปลิวไปตกไกลถึง 1,000 กิโลเมตรจากภูเขาไฟ โดยซากูราจิมะเป็นช่องทางปะทุมีพลังในยุคใหม่ของภูเขาไฟลูกเดียวกันนี้ในแคลดีรา

ซากูราจิมะก่อตัวขึ้นจากความเคลื่อนไหวของแคลดีราหลังการปะทุ ซึ่งเริ่มขึ้นเมื่อประมาณ 13,000 ปีก่อน[5] ตั้งอยู่ห่างออกไปประมาณ 8 กิโลเมตรทางทิศใต้ของใจกลางแคลดีรา การปะทุครั้งแรกที่ถูกบันทึกในประวัติศาสตร์เกิดขึ้นเมื่อ พ.ศ. 1506[6] การปะทุส่วนใหญ่ของซากูราจิมะเป็นแบบสตรอมโบลี[6] ซึ่งส่งผลกระทบเพียงพื้นที่ยอดเขา แต่มีการปะทุแบบไพลนีซึ่งรุนแรงกว่าเกิดขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2014-2019 พ.ศ. 2322-2325 และ พ.ศ. 2457 ด้วยเช่นกัน[7]

ความเคลื่อนไหวของ ยอดคิตะ หยุดลงเมื่อประมาณ 4,900 ปีก่อน โดยการปะทุภายหลังจากนั้นมักจะเกิดขึ้นที่ ยอดมินามิ[8]