ปฐมบท

ฮิมุระ เคนชิน อดีตมือสังหารของคณะปฏิวัติเจ้าของฉายา "มือพิฆาตบัตโตไซ" ได้วางดาบ กลายเป็นซามูไรพเนจรธรรมดาๆ จวบจนได้มาพบกับครูฝึกดาบสาวของสำนักคามิยะคัตชินริว คามิยะ คาโอรุ ผู้ซึ่งทำให้เขารู้สึกสบายใจและหยุดการเดินทางที่ไร้จุดหมายลงได้ หลังจากการพำนักอยู่กับคาโอรุ เคนชินต้องเข้าไปมีส่วนเกี่ยวข้องเหตุการณ์มากมายและได้พบกับ ซางาระ ซาโนสุเกะ, เมียวยิน ยาฮิโกะ, ทากานิ เมกุมิ รวมถึงชิโนโมริ อาโอชิ และกลุ่มโอนิวาบังชู

ภาคชิชิโอ: เกียวโต

การหวนกับมาพบกันอีกครั้งของเคนชิน และไซโต ฮาจิเมะ อดีตหัวหน้าหน่วยชินเซ็น กอง 3 ซึ่งปัจจุบันได้ทำหน้าที่ตำรวจสันติบาล ไซโตซึ่งมีหน้าที่เป็นสายสืบให้กับรัฐบาลกลางกำลังสืบสวนเรื่องของอดีตมือสังหารของคณะปฏิวัติอีกคนหนึ่ง ชิชิโอ มาโคโตะ ซึ่งคาดว่ากำลังเตรียมแผนก่อการปฏิวัติอยู่ จากเหตุการณ์การสังหาร โอคุโบ โทชิมิจิ เสนาบดีฝ่ายมหาดไทยโดยเซตะ โซจิโร่ สมุนของชิชิโอ ทำให้เคนชินไม่อาจอยู่เฉยได้ เขาจึงเดินทางยังเกียวโตเพื่อยับยั้งแผนการปฏิวัติของชิชิโอ ขณะเดียวกันชิชิโอก็เรียกกองกำลังจุปปงคาตานะ ซึ่งเป็นยอดฝีมือพิเศษ 10 คนของตัวเองออกมารับมือกับเคนชินด้วย ทางด้านซาโนสุเกะก็ได้ออกติดตามเคนชินมาที่เกียวโตเพื่อช่วยเหลือเคนชินอีกแรง ขณะที่ยาฮิโกะกับคาโอรุก็เดินทางมาหาเคนชินเช่นกัน ระหว่างการเดินทางเคนชินพบกับ มากิมาจิ มิซาโอะ สาวน้อยแห่งโอนิวาบังชู และด้วยความช่วยเหลือของกลุ่มโอนิวาบังชู ทำให้พวกของเคนชินสามารถป้องกันแผนเผากรุงเกียวโตเพื่อก่อความวุ่นวาย ในขณะที่ตัวชิชิโอและผู้ใกล้ชิดเตรียมนำเรือดำ "เรนโกกุ" เข้าอ่าวโตเกียวเพื่อสร้างความวุ่นวาย แต่ในที่สุดเรือเรนโกกุ ก็ถูกระเบิดมือของซาโนสุเกะทำลายเสียหายจนต้องเลิกล้มแผนการบุกยึดอ่าวโตเกียวไป ชิชิโอพร้อมทั้งจุปปงคาตานะทั้งหมดจึงย้อนกลับไปที่ฐานของตัวเองพร้อมกับท้าให้เคนชินตาม การต่อสู้ครั้งสุดท้ายของเคนชินและชิชิโอ เดิมพัน ด้วยชะตากรรมของรัฐบาลญี่ปุ่น

ภาคเอนิชิ: ทัณฑ์มนุษย์

หลังจบศึกชิชิโอ พวกเคนชินอยู่อย่างสงบซักระยะ แต่แล้วเงาแห่งการต่อสู้ก็เริ่มขึ้นอีกครั้ง เมื่อกลุ่มคน 6 คน ที่เคยมีความแค้นต่อเคนชิน ในสมัยอดีตรวมตัวกันมาเพื่อแก้แค้น 1 ในนั้น คือ ยูกิชิโร่ เอนิชิ น้องชายของ ยูกิชิโร่ โทโมเอะ ภรรยาที่ล่วงลับของเคนชินเอง เอนิชิที่แค้นฝังใจว่าเคนชินผิด จึงทำทุกวิถีทางเพื่อทำให้เคนชินทุกข์ใจ โดยเริ่มจากการทำร้ายคนรอบข้าง ถึงขั้นนำทัพบุกโรงฝึกคามิยะ แต่พวกเคนชินก็จัดการได้หมด แต่หลังจากหมอกควันที่หนาทึบจางลง ทุกคนก็พบว่าคาโอรุถูกดาบปักอกและถูกกรีดใบหน้าแบบเคนชินแล้วสิ้นใจไปเสียแล้ว เคนชินถึงกับหมดหวัง หนีไปอาศัยอยู่ที่หมู่บ้านคนไร้ราก

แม้ทุกคนมาเตือนสติ เคนชินก็ไม่สน ซาโนก็กลับไปบ้านเกิดกับก่อเรื่องแล้วกลับมาในภายหลัง ขณะที่อาโอชิกับมิซาโอะเพิ่งมาถึง พอรู้ทราบเชื่อว่าคาโอรุยังไม่ตายจึงขุดศพชันสูตรดู จนรู้ว่าคือศพปลอม อาโอชิกับไซโต้สืบหาฐานใหม่ของเอนิชิ ทางคุจิรานามิ เฮียวโก ที่แค้น เพราะถูกเคนชินตัดมือขวาตอนสงครามปฏิวัติ เกิดคลั่งแหกคุกอาละวาดไปทั่ว ยาฮิโกะออกมารับหน้าแทน สึบาเมะเตือนสติเคนชินสำเร็จ จึงโค่นคุจิรานามิลง พอทุกคนกลับมารวมตัวไปฐานใหม่ของเอนิชิบนเกาะร้าง สู้ตัดสินกันจนชนะ ช่วยคาโอรุตัวจริงออกมาสำเร็จ เอนิชิที่ได้รับบันทึกก่อนตายของโทโมเอะจากคาโอรุ พอถึงโตเกียวก็หลบหนีไปหมู่บ้านคนไร้ยาก โดยหมดหวังกับตัวเอง โดยไม่รู้ว่าตนได้อยู่กับพ่ออีกครั้ง