ซูปเปอร์คอมพิวเตอร์ (Supercomputer) เป็นคอมพิวเตอร์ที่มีความสามารถสูงที่สุดในกลุ่มมีขนาดใหญ่ ซูปเปอร์คอมพิวเตอร์ สามารถประมวลผลข้อมูลในปริมาณมากรวมถึงการประมวลผลงานที่มีรูปแบบอันซับซ้อน มีความรวดเร็วในการคำนวณได้มากกว่าหนึ่งล้านล้านต่อวินาที ( 1 Trillion calculations per second ) ภายในซูปเปอร์คอมพิวเตอร์ สามารถรองรับโปรเซสเซอร์ได้มากกว่า 100 ตัว หน่ายวัดความเร็วของคอมพิวเตอร์นี้คือ หน่วยจิกะฟลอบ (Gigaflop) ซูปเปอร์คอมพิวเตอร์ เป็นเครื่องคอมพิวเตอร์ที่เหมาะกับงานคำนวณที่ต้องมีการคำนวณตัวเลขจำนวนหลายล้านตัวภายในเวลาอันรวดเร็ว เช่น งานพยากรณ์อากาศ ที่ต้องนำข้อมูลต่าง ๆ เกี่ยวกับอากาศทั้งระดับภาคพื้นดิน และระดับชึ้นบรรยากาศเพื่อดูการเคลื่อนไหวและการเปลี่ยนแปลงของอากาศ งานนี้จำเป็นต้องใช้เครื่องคอมพิวเตอร์ที่มีสมรรถนะสูงมาก นอกจากนี้มีงานอีกเป็นจำนวนมากที่ต้องใช้ซูปเปอร์คอมพิวเตอร์ซึ่งมีความเร็วสูง เช่น งานการวิจัยนิวเคลียร์ งานควบคุมทางอวกาศ งานประมวลผลภาพทางการแพทย์ ด้านการทหาร วิศวกรรมเคมีภัณฑ์ปิโตรเลียม เช่น การสร้างโมเดลที่สามารถประมวลผลด้านความซับซ้อนสูงในการจำลองการประมวลผลต่างๆ รวมทั่วใช้วิจัยพันธุกรรมในมนุษย์หรือโครงสร้างดีเอ็นเอ ซึ่งมีมากกว่า 80,000 ถึง 100,000 ยีนในร่างกายของมนุษย์ งานด้านวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะทางด้านเคมี เภสัชวิทยา และงานด้านวิศวกรรมการออกแบบ และเนื่องจากราคาของซูปเปอร์คอมพิวเตอร์สูงมาก จึงมักมีการใช้งานเฉพาะด้านเท่านั้น หน่วยงานที่มีกำลังความสามารถในการนำไปใช้เพื่องานวิจัย ก็คือหน่วยงานขององค์การรัฐบาล ธุรกิจที่มีขนาดใหญ่มากและมหาวิทยาลัย