ชื่อ ซูโดกุ ในภาษาญี่ปุ่น เป็นคำย่อจากคำว่า ซูจิวะโดกูชินนิคางิรุ ((ญี่ปุ่น: 数字は独身に限る) มีความหมายว่า ตัวเลขต้องมีเพียงเลขเดียว ชื่อของซูโดกุ มีการเรียกชื่อแตกต่างกันในแต่ละภาษา ตั้งแต่ ซูโดะกุ ซูโดกุ ซูโดกู หรือ ซูโดคู

นิตยสารในเครือ ปริศนา ของบริษัท สำนักพิมพ์อาทร จำกัด เคยเรียกชื่อเกมนี้ว่า ปริศนา 1 ถึง 9 เนื่องจากต้องเติมตัวเลขตั้งแต่ 1 ถึง 9 ลงในตาราง และอาจเรียกว่า ปริศนา 1 ถึง 7, 1 ถึง 12, 1 ถึง 16, 1 ถึง 25 ฯลฯ ตามจำนวนตัวเลขที่จะต้องเติมในรูปแบบต่างๆ