ฌูนาตันเริ่มต้นอาชีพกับสโมสรในประเทศบ้านเกิด และเล่นฟุตบอลที่นั่นจนถึงฤดูกาล 2015-2016 ต่อมาวันที่ 1 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2017 เขาเซ็นสัญญา 1 ปีกับสโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และเป็นผู้ทำประตูสูงสุดในไทยลีก 2 ฤดูกาล 2017 ด้วยจำนวน 28 ประตู[2]และท้ายฤดูกาลนั้น เขาย้ายไปนครปฐม ยูไนเต็ด ซึ่งถูกปรับตกชั้นสู่ไทยลีก 4

ในฤดูกาล 2018 เขาถูกปล่อยยืมตัวให้กับพีที ประจวบ สโมสรน้องใหม่ที่เพิ่งเลื่อนชั้นสู่ไทยลีก เขาทำประตูให้กับสโมสรตั้งแต่นัดแรกของฤดูกาล ในนัดที่ประจวบเปิดบ้านเอาชนะโปลิศ เทโร 3-2 เมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2018[3]