ฌ็อง-คริสต็อฟ เจ้าชายนโปเลียน ประสูติเมื่อวันที่ 11 กรกฎาคม พ.ศ. 2529 เป็นพระโอรสในชาร์ล เจ้าชายนโปเลียน และเจ้าหญิงเบอาทริสแห่งบูร์บง-ซิซิลีทั้งสอง โดยพระองค์ทรงเป็นพระนัดดาใน เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ ดยุกแห่งกัสโตร ผู้อ้างสิทธิราชบัลลังก์ ราชอาณาจักรซิซิลีทั้งสอง โดยภายหลังจากที่พระองค์ทรงเรียนจบและ ก็ทรงงานใน มหาวิทยาลัยนิวยอร์ก ในฐานะนักวิเคราะห์ธนาคารเพื่อการลงทุนสำหรับ มอร์แกนสแตนเลย์ โดยพระองค์สามารถรับสั่งภาษาสเปน ภาษาฝรั่งเศส และภาษาอังกฤษได้

พระองค์ทรงเป็น เจ้าชายนโปเลียน หรือ พระประมุขแห่งราชวงศ์โปนาปาร์ต เช่นเดียวกับพระบิดา หลังจากที่ หลุยส์ เจ้าชายนโปเลียน พระอัยยกา สิ้นพระชนม์ลง เมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2540 ซึ่งในขณะนั้น พระองค์ทรงมีพระชันษาเพียง 11 ปี เนื่องจากพระบิดาทรงเสกสมรสใหม่โดยที่ไม่ได้รับความเห็นชอบจากพระอัยกา และไม่เป็นที่ชื่นชอบในหมู่ประชาชน ซึ่งพระบิดาของพระองค์ก็ไม่มีปัญหาใดๆ