ฐากร ตัณฑสิทธิ์ เกิดเมื่อวันที่ 10 กันยายน พ.ศ. 2503 ที่จังหวัดกาฬสินธุ์ สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีนิติศาสตร์ เกียรตินิยมอันดับสองจากมหาวิทยาลัยรามคำแหง และปริญญาโทด้านรัฐประศาสนศาสตร์จากมหาวิทยาลัยดีทรอยต์[1] สหรัฐอเมริกา ในปี พ.ศ. 2556 ได้รับปริญญารัฐประศาสนศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์จากมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ในปี 2558 ได้รับรางวัลบุคคลคุณภาพด้านวิทยาศาสตร์แห่งปีจากมูลนิธิสภาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย และในปี พ.ศ. 2560 ได้รับรางวัลผู้ทำคุณประโยชน์ ด้านทรัพยากรมนุษย์จากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์[2] และได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์สาขารัฐประศาสนศาสตร์จากมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ (มศว) ในปีดังกล่าวอีกด้วย[3]

ในด้านครอบครัว ได้สมรสกับ นางพรพาณี ตัณฑสิทธิ์ อาจารย์พิเศษคณะศิลปศาสตร์​มหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ โดยมีบุตรธิดา 3 คน[4] ได้แก่ นายฉันทวิชญ์ ตัณฑสิทธิ์ นักเรียนทุนธนาคารแห่งประเทศไทย สำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาตรีจากวิทยาลัยเศรษฐศาสตร์และรัฐศาสตร์แห่งลอนดอน และปริญญาโทด้านเศรษฐศาสตร์จากมหาวิทยาลัยโคลัมเบีย น.ส.อิสรีย์ ตัณฑสิทธิ์ สำเร็จการศึกษาในระดับปริญญาตรี สาขากฎหมายจากมหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ ระดับปริญญาโท สาขากฎหมายจากมหาวิทยาลัยแห่งชาติออสเตรเลีย และเนติบัณฑิตไทย ปัจจุบันรับราชการเป็นผู้พิพากษา และนายกฤตธี ตัณฑสิทธิ์ นักเรียนทุนสำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (ก.พ.) ในระดับปริญญาตรี สาขานโยบายสาธารณะ จากวิทยาลัยเศรษฐศาสตร์และรัฐศาสตร์แห่งลอนดอน