ฐานิสร์ เทียนทอง ประกอบธุรกิจในจังหวัดสระแก้ว และได้รับแต่งตั้งเป็นประธานหอการค้าจังหวัดสระแก้ว ในระหว่างปี พ.ศ. 2538-พ.ศ. 2539 จากนั้นมาจึงได้เข้ามาทำงานการเมือง โดยการเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดสระแก้ว ในสังกัดพรรคความหวังใหม่ พรรคไทยรักไทย และพรรคประชาราชตามลำดับ โดยฐานิสร์ เทียนทอง ได้รับตำแหน่งเลขาธิการพรรคประชาราช[3] ต่อมาในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2554 ได้ย้ายไปร่วมงานกับพรรคเพื่อไทย พร้อมกับ ตรีนุช เทียนทอง สรวงศ์ เทียนทอง และสมาชิกพรรคประชาราชอีกจำนวนหนึ่ง[4]

ฐานิสร์ เทียนทอง เคยได้รับตำแหน่งที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย (เสนาะ เทียนทอง) ที่ปรึกษารองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (สุขวิช รังสิตพล) ที่ปรึกษารัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย (สรอรรถ กลิ่นประทุม) และที่ปรึกษารองนายกรัฐมนตรี (สุวิทย์ คุณกิตติ) และได้รับโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย ในรัฐบาลของนางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร[5] ต่อมาได้ปรับไปรับตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงอุตสาหกรรม [6] (ครม.ยิ่งลักษณ์ 3) กระทั่งได้รับโปรดเกล้าฯ ให้พ้นจากความเป็นรัฐมนตรีในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2556[7]

ใน พ.ศ. 2561 ฐานิสร์ได้ย้ายมาร่วมงานกับ พรรคพลังประชารัฐ [8]