ณปภาเป็นบุตรของเชษฐา ตันตระกูล กับวนิดา สายใจ แต่บิดามารดาเลิกรากันและต่างฝ่ายไปมีครอบครัวใหม่[2][3] เธอจึงได้รับการเลี้ยงดูจากมิตร ตันตระกูล และจุฑาพัชร์ ฤกษ์เกษมสันต์ ซึ่งเป็นปู่และย่า[1] เธอจึงเรียกพ่อแท้ ๆ และพี่น้องของพ่อว่าพี่มาตลอด[4][5]

ณปภามีเชื้อสายปากีสถานและเชื้อสายจีนไหหลำจากปู่ ส่วนย่ามีเชื้อสายจีน[6] มีศักดิ์เป็นหลานอาของจิรายุ ตันตระกูลซึ่งเป็นนักแสดงเช่นกัน[7] แต่เดิมเธอนับถือศาสนาอิสลาม[8][9] แต่ก็พบว่าเธอตักบาตรแบบชาวพุทธด้วย[10] ภายหลังเธอกล่าวว่าปัจจุบันเธอนับถือศาสนาพุทธตามย่า แต่อนาคตอาจเปลี่ยนไปนับถือศาสนาอิสลาม[11]

ณปภาสำเร็จการศึกษาชั้นประถมศึกษาจากโรงเรียนสารสาสน์เอกตรา ระดับชั้นมัธยมศึกษาจากโรงเรียนสตรีวัดมหาพฤฒาราม และสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีจากวิทยาลัยนานาชาติ มหาวิทยาลัยกรุงเทพ คณะบริหารธุรกิจ สาขาภาษาอังกฤษเพื่อธุรกิจ เมื่อปี พ.ศ. 2552