ตัวละครหลักของของดราก้อนเควสต์ XI คือเด็กหนุ่มไร้เดียงสาอายุ 16 ปี นามว่า อีเลเว่น (Eleven) ที่เติบโตขึ้นมาในหมู่บ้านในชนบทอันสงบสุข เมื่อต้องเข้ารับการทำพิธีเป็นผู้ใหญ่ เขาพบว่าตัวเองนั้นคือผู้กล้าที่ครั้งหนึ่งเคยได้ช่วยโลกไว้จากความมืดมิด ซึ่งได้กลับชาติมาเกิดใหม่พร้อมภาระหน้าที่อันใหญ่หลวง และยังพบว่าแท้จริงแล้วเขาไม่ได้เกิดที่หมู่บ้านแห่งนี้ แต่ลอยมากับแม่น้ำในคืนหนึ่งแล้วมีคนมาพบเข้า สมบัติเพียงชิ้นเดียวที่ติดตัวเขามีสัญลักษณ์ของราชวงศ์อยู่

อีเลเว่นจึงออกเดินทางไปพบพระราชาแห่งอาณาจักรเฮลิโอดอร์ เพื่อหวังจะคลายข้อสงสัยทั้งเรื่องผู้กล้าและชาติกำเนิดของเขา แต่อย่างไรก็ตามเมื่อเขาไปยังปราสาท พระราชากลับสั่งจับกุมเขาในฐานะที่เขาเป็นผู้กล้า และหาว่าเขาเป็นเมล็ดพันธุ์แห่งความมืด อีเลเว่นถูกนำตัวไปขังยังคุกใต้ดินและได้รู้จักกับเอริก โจรหนุ่มวัยไล่เลี่ยกัน เขาได้แหกคุกออกมากับเอริก และตัดสินใจออกเดินทางร่วมกับผู้กล้าเพื่อออกผจญภัยต่อไป

ตัวละครหลัก