ดอนหอยหลอดเป็นสถานที่ที่มีลักษณะเด่นที่หาพบได้ยากในประเทศไทย โดยเกิดจากการทับถมของตะกอนจากแม่น้ำ และตะกอนจากทะเลบริเวณปากแม่น้ำแม่กลอง เกิดเป็นสันดอนยื่นออกไปในทะเลราว 8 กิโลเมตร ลักษณะของพื้นที่เป็นชายฝั่งราบเรียบที่พื้นเป็นทรายและตะกอน เวลาน้ำลงจะปรากฏพื้นโคลนเลนกว้างราว 4 กิโลเมตร ซึ่งมีพื้นเป็นตะกอนนุ่มและอุดมไปด้วยแร่ธาตุ ในพื้นที่จะเกิดน้ำขึ้นวันละ 2 ครั้ง เวลาน้ำขึ้นกระแสน้ำจะไหลขึ้นทางทิศเหนือ แต่เวลาน้ำลงจะไหลลงทิศใต้ อย่างไรก็ตาม บางเวลาทิศทางของกระแสน้ำอาจเปลี่ยนแปลงได้เล็กน้อยโดยกระแสลม