ดัชเชสมารี อเล็กซันดรีนา เอลีซาเบ็ท เอลีโอนอร์ แห่งเมคเลินบวร์ค-ชเวรีน ประสูติในฐานันดรศักดิ์เจ้าหญิงแห่งราชวงศ์แกรนด์ดยุกเมคเลินบวร์ค ณ พระราชวังลุดวิกสลัสท์ (Schloss Ludwiglust) แคว้นเมคเลินบวร์ค โดยเป็นพระธิดาในเจ้าฟ้าชายฟรีดริช ฟรันซ์ที่ 2 แกรนด์ดยุกแห่งเมคเลินบวร์ค-ชเวรีน กับ เจ้าหญิงออกัสตาแห่งรอยซ์-เคิสทริตซ์ (พ.ศ. 2365-2405) พระชายาพระองค์แรก

พระมารดาของพระองค์สิ้นพระชนม์เมื่อปี พ.ศ. 2465 ขณะที่เจ้าหญิงมารีมีพระชนมายุ 8 พรรษา ส่วนพระบิดาได้อภิเษกสมรสใหม่อีกสองปีต่อมา