ดัชเชสมาเรีย อันนา วิกตอเรียแห่งบาวาเรีย ประสูติเมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน ค.ศ. 1660 เป็นพระธิดาของเจ้าชายแฟร์ดินันด์ มาเรีย อิเลกเตอร์แห่งบาวาเรีย กับ เจ้าหญิงเฮนเรียต อเดเลดแห่งซาวอย พระบรรพบุรุษฝ่ายพระชนนีนั้นสืบเชื้อสายมาจากเจ้าหญิงคริสติน มารีแห่งฝรั่งเศส ด้วยเหตุนี้พระองค์จึงเป็นศักดิ์พระประยูรญาติชั้นที่สองของพระสวามี แม้พระองค์จะมีเชื้อสายเยอรมันเป็นหลัก แต่สามารถรับสั่งภาษาฝรั่งเศส, อิตาลี และละตินได้

พระองค์ได้เสกสมรสกับเลอกร็องโดฟินแห่งฝรั่งเศส องค์รัชทายาทของพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศส เมื่อวันที่ 7 มีนาคม ค.ศ. 1680 หลังจากการเสกสมรสทำให้พระองค์มีพระอิสริยยศคือ ราชธิดาแห่งฝรั่งเศส (Fille de France) ซึ่งเทียบเท่ากับ Royal Highness และจะขานพระนามว่า มาดามลาโดฟิน (Madame la Dauphine) ทั้งสองมีพระโอรสด้วยกัน 3 พระองค์ คือ

1. เจ้าชายหลุยส์ ดยุกแห่งเบอร์กันดี (16 สิงหาคม ค.ศ. 1682 – 18 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1712) ต่อมาคือ โดฟินแห่งฝรั่งเศส เสกสมรสกับเจ้าหญิงมาเรีย อเดเลดแห่งซาวอย พระญาติชั้นที่สอง มีพระโอรสสามพระองค์
2. เจ้าชายฟิลิป ดยุกแห่งอองชู (19 ธันวาคม ค.ศ. 1683 – 9 กรกฎาคม ค.ศ. 1746) ต่อมาคือ กษัตริย์แห่งสเปน เสกสมรสกับเจ้าหญิงมาเรีย ลุยซา กาเบรียลลาแห่งซาวอย มีพระโอรสสี่พระองค์ ต่อมาได้เสกสมรสกับเอลิซาเบธ ฟาร์เนเซ มีพระโอรสสี่พระองค์ และพระธิดาสามพระองค์
3. เจ้าชายชาลส์ ดยุกแห่งเบอร์รี (31 กรกฎาคม ค.ศ. 1686 – 5 พฤษภาคม ค.ศ. 1714) เสกสมรสกับเจ้าหญิงมารี หลุยส์ เอลิซาเบธแห่งออร์เลออง มีพระโอรสหนึ่งพระองค์ และพระธิดาสองพระองค์ แต่สิ้นพระชนม์ตั้งแต่ยังทรงพระเยาว์ทั้งหมด

ในช่วงปี ค.ศ. 1687 พระองค์ได้ส่งทูตพิเศษนำของกำนัลมาพระราชทานให้แก่สมเด็จเจ้าฟ้าสุดาวดี กรมหลวงโยธาเทพ พระราชธิดาเพียงพระองค์เดียวในสมเด็จพระนารายณ์มหาราชแห่งกรุงศรีอยุธยา แต่กรมหลวงโยธาเทพกลับปฏิเสธ โดยทรงอ้างเหตุผลว่าพระองค์ทรงมีฐานะ "ยากจน" เกินกว่าจะประทานของมีค่าที่จะเทียบกันได้เป็นการตอบแทน[1]

ต่อมาเมื่อพระสวามีของพระองค์ลอบมีอนุภริยา พระองค์จึงแยกไปประทับยังพระตำหนักส่วนพระองค์ และสนิทสนมกับพระสหายชาวเยอรมัน คือ เจ้าหญิงเอลิซาเบธ ชาล็อตแห่งแพลาไทน์ พระชายาของเจ้าชายฟิลิปที่ 1 ดยุกแห่งออร์เลออง พระอนุชาของพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 ซึ่งทั้งคู่ได้รับสั่งภาษาเยอรมัน อันเป็นภาษาที่พระสวามีไม่เข้าพระทัย

ดัชเชสมาเรีย อันนา วิกตอเรียแห่งบาวาเรีย สิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ 20 เมษายน ค.ศ. 1690 หลังจากมีพระอาการประชวรหนักและเรื้อรังมานาน สิริพระชนมายุได้ 29 พรรษา