ดินแดนแห่งจินตนาการ Digital World ซึ่งเกิดมาพร้อมๆกับการพัฒนาการทางสังคมเครือข่ายของปัจจุบัน ณ ที่นั้น Digital Monster ซึ่งเป็นสิ่งมีดิจิตอลได้ถือกำเนิดขึ้นมาโดยมีคอมพิวเตอร์ "อิกดราซิล" ควบคุมโลกทั้งหมดเอาไว้ แต่ทว่าเพื่อการลบล้างโลกแบบโบราณ และสร้างโลกใหม่ไปพร้อมกับการพัฒนาการของ Digital World อิกดราซิลจึงได้เริ่ม Project Ark และสั่งการให้ X program ที่น่าสยดสยองออกมากำจัดดิจิมอนทั้งหมด ขณะนี้ Digital World กำลังเผชิญวิกฤตครั้งยิ่งใหญ่ที่สุด