อาคารหลักของพิพิธภัณฑ์เยอรมันตั้งอยู่บน "มูเซอุมอินเซิล" (เยอรมัน: Museuminselcode: de is deprecated – เกาะพิพิธภัณฑ์) ซึ่งเป็นเกาะขนาดเล็กกลางแม่น้ำอีซาร์ แม่น้ำสายหลักที่ไหลผ่านกลางเมืองมิวนิก เมื่อครั้งก่อนเกาะแห่งนี้ไม่เคยมีสิ่งปลูกสร้างตั้งอยู่เลยเนื่องจากมีน้ำท่วมตามฤดูกาล จนถึง ค.ศ. 1772 เมื่อมีการสร้างเขื่อนซึลเวนชไตน์ขึ้นบริเวณต้นแม่น้ำอีซาร์เพื่อป้องกันน้ำท่วม พื้นที่เกาะก็มีการปลูกสร้างค่ายทหารอีซาร์ขึ้น อย่างไรก็ตามได้เกิดน้ำท่วมอีกครั้งในปี ค.ศ. 1899 จึงก่อสร้างอาคารขึ้นใหม่ในลักษณะป้องกันน้ำท่วมได้ ในปี ค.ศ. 1903 สภาเทศบาลเมืองประกาศว่าจะมอบเกาะให้เป็นที่ตั้งด็อยท์เชิสมูเซอุมที่จะสร้างขึ้นใหม่ อนึ่งเดิมเกาะแห่งนี้มีชื่อว่า "โคห์เลินอินเซิล" (เยอรมัน: Kohleninselcode: de is deprecated – เกาะถ่าน) ภายหลังจึงเปลี่ยนชื่อเป็น มูเซอุมอินเซิล[2][3]