ตระกูลบอร์เจีย ถือกำเนิดขึ้นที่แคว้นบาเลนเซีย ประเทศสเปน ต้นตระกูลคืออัลฟองโซ บอร์เจีย (ภายหลังขึ้นเป็นสมเด็จพระสันตะปาปาคาลิกซ์ตุสที่ 3) เคยทำงานในมหาวิทยาลัยเลย์ดา และเป็นทูตของกษัตริย์แห่งอารากอน ก่อนจะได้เป็นพระคาร์ดินัลในปี ค.ศ. 1444 และขึ้นเป็นพระสันตะปาปาในปี ค.ศ. 1455 หลังจากนั้นเครือญาติตระกูลบอร์เจียบางส่วนจึงย้ายถิ่นฐานไปยังประเทศอิตาลี

ตระกูลบอร์เจียกลายเป็นผู้อุปถัมภ์ศิลปะและดนตรีในยุคฟื้นฟูศิลปวิทยา ศิลปินที่มีชื่อเสียงหลายรายมักแวะเวียนเข้าบ้านตระกูลบอร์เจียอยู่บ่อยครั้ง อาทิ เลโอนาร์โด ดา วินชี นอกจากนี้ โรดริโก้ บอร์เจียยังเป็นผู้สนับสนุนมหาวิทยาลัยและพัฒนากรุงโรมในช่วงที่ครองตำแหน่งพระสันตะปาปาอีกด้วย

มีข้อถกเถียงมากมายเกี่ยวกับตระกูลบอร์เจีย โดยเฉพาะเกี่ยวกับโรดริโก้ เชซาเรย์ และลูเครเซีย เป็นที่รู้กันดีว่าโรดริโก้มีภรรยาหลายคน เช่น วานอสซา คัตตาเน และจูเลีย ฟาร์เนเซ เขาเปิดเผยเรื่องภรรยาและลูกอย่างชัดเจน จึงมีข่าวลือแง่ลบเกี่ยวกับโรดริโก้มากมาย เช่น เรื่องที่เขามีความสัมพันธ์ทางเพศกับลูเครเซีย บอร์เจีย ลูกสาวแท้ๆของตน หรือเรื่องที่เขาติดสินบนพระคาร์ดินัลเพื่อให้ตนเองได้ขึ้นเป็นพระสันตะปาปา เป็นต้น

เชซาเรย์ บอร์เจีย ลูกชายคนรองของโรดริโก้ ได้ขึ้นเป็นคาร์ดินัลตั้งแต่อายุ 18 ปี เขาถูกสงสัยว่าเป็นผู้ก่อเหตุฆาตกรรมจิโอวานนีพี่ชายของตน เพราะความตายของจิโอวานนีทำให้เชซาเรย์ได้รับตำแหน่งต่างๆที่เคยเป็นของจิโอวานนีมาก่อน เขาลาออกจากตำแหน่งคาร์ดินัลและไปเป็นทหาร เชซาเรย์ตกเป็นผู้ต้องสงสัยคดีฆาตกรรมอีกครั้งเมื่ออัลฟองโซแห่งอารากอน สามีคนที่สองของลูเครเซียถูกลอบสังหารแต่ไม่สำเร็จ เขาจึงบีบคออัลฟองโซจนถึงแก่ความตาย นอกจากนี้ยังมีคดีของเปรอตโต คนรักของลูเครเซีย มีคนพบศพของเปรอตโตในแม่น้ำไทเบอร์ ว่ากันว่าเขาทำให้ลูเครเซียท้อง เชซาเรย์จึงโกรธและลอบสังหารเขา

ลูเครเซีย บอร์เจีย ลูกสาวเพียงคนเดียวของโรดริโก้ มีชื่อเสียงว่าเป็นนักวางยาพิษชั้นเยี่ยม เธอแต่งงานถึงสามครั้ง ทั้งสามครั้งล้วนเป็นไปเพื่อผลประโยชน์ทางการเมืองของตระกูล บางกระแสเชื่อว่าชื่อเสียงแง่ลบของลูเครเซียเกิดขึ้นเพราะตระกูล ไม่ใช่เพราะนิสัยของเธอเอง